当前解析结果
SmilChr08G000807| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000807 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000807 |
| 描述 | WRKY transcription factor 23 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 5952650 - 5954251 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000389 |
|---|---|
| GeneID | 131000389 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000389 |
| 原始查询 | SmilChr08G000807 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | WRKY transcription factor 23 |
| 产物 | WRKY transcription factor 23 |
| Arabidopsis | AT2G47260 (WRKY23)WRKY DNA-binding protein 23 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819339] identity=41.8; qcov=1.19; evalue=1.46e-54; confidence=medium |
| Rice | Os03g0758000 (OsWRKY3)- identity=81.2; qcov=0.284; evalue=7.41e-44; confidence=weak |
| GO | GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03106 (WRKY) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000389 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057782245.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782245.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782245.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057782245.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057782245.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:5953051 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B12 |
Chr8:5953159 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A20,B103 |
Chr8:5953271 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C77 |
Chr8:5953512 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr8:5953784 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B36,D3 |
Chr8:5953816 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B123 |
Chr8:5953820 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C52 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782245.1PF03106
WRKY 145-202 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782245.1 |
Pfam | PF03106 |
WRKY | Domain | 145 | 202 | 1.6e-27 | 96.2 | WRKY DNA -binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。