当前解析结果
SmilChr08G000824| 统一基因 ID | SmilChr08G000824 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000824 |
| 描述 | nitrogen regulatory protein P-II homolog |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 6098902 - 6101837 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000408 |
|---|---|
| GeneID | 131000408 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC131000408 |
| 原始查询 | SmilChr08G000824 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | nitrogen regulatory protein P-II homolog |
| 产物 | nitrogen regulatory protein P-II homolog |
| 拟南芥 | AT4G01900 (GLB1)nitrogen regulatory P-II-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828213] identity=64.32; qcov=0.956; evalue=2.1e-80; confidence=high |
| 水稻 | Os05g0133100 (OsGlnB)- identity=74.05; qcov=0.636; evalue=1.14e-67; confidence=high |
| GO | GO:0005524 (ATP binding); GO:0005829 (cytosol); GO:0006808 (regulation of nitrogen utilization); GO:0009534 (chloroplast thylakoid); GO:0030234 (enzyme regulator activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00543 (P-II) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000408 |
预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057782276.1 |
| 2 | 叶绿体基质 | 1.00000 | XP_057782276.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:6099167 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 43 | A10,A19,A3,A4,B102,B104,B105,B107,B11,B114,B118,B119,B134,B14,B21,B27,B31,B32,B38,B4,B40,B46,B63,B65,B66,B67,B74,B79,B97,C16,C28,C31,C35,C37,C41,C66,C67,C68,C72,C82,C85,D11,D2 |
Chr8:6100398 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B4,C39 |
Chr8:6100936 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A1,C81,D10,D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782276.1PF00543
P-II 76-180 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782276.1 |
Pfam | PF00543 |
P-II | Domain | 76 | 180 | 1.5e-27 | 96.6 | Nitrogen regulatory protein P-II |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。