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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000827

染色体: Chr08 坐标: 6118653-6124930 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000827
名称SmilChr08G000827
描述uncharacterized protein At5g01610-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向6118653 - 6124930 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000412
GeneID131000412
locus_tag-
NCBI NameLOC131000412
原始查询SmilChr08G000827

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transmembrane protein, putative (Protein of unknown function, DUF538) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827767]; symbol=AT4G02360; hit=AT4G02360; species=arabidopsis; confidence=high
产物transmembrane protein, putative (Protein of unknown function, DUF538) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827767]; symbol=AT4G02360; hit=AT4G02360; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G02360 (AT4G02360)
transmembrane protein, putative (Protein of unknown function, DUF538) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827767]
identity=54.7; qcov=0.846; evalue=6.36e-57; confidence=high
RiceOs05g0362300
-
identity=53.5; qcov=0.784; evalue=7.02e-44; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF04398 (DUF538)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000412

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057782282.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057782282.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782282.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782282.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782282.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:6118991 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B50,B65,B90,B92,C56
Chr8:6119175 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C32,C62,C68
Chr8:6119247 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B55,C21,C36
Chr8:6119333 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C32,C62,C68
Chr8:6119350 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782282.1
162 aa
N
1
81
162
DUF538
C
PF04398 DUF538 24-130 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782282.1 Pfam PF04398 DUF538 Family 24 130 9.3e-33 113.8 Protein of unknown function, DUF538

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926299.1
TATTCTTTAATTTGGAAACACATGCATCGTGGTTTTAGTATTCAAAGCAATTGAATTGAGGTGTGAATAAGGCCAATAAAACAGCACTTGTATGGTCAGTAAAATATAGGAAGAAGAAGACTATGATTCTGAGAATATACGCCCAACTTGCCCCACTGCATTCCTGCTACTGACAGAGCCATGTCTTCCCTCAGCCGATTTCTGCTACTCCTCCTCACCGCTGTCGCCGCCGCAGCGGACCGGCCGACGGTGTACGAGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000412
ATGTCTTCCCTCAGCCGATTTCTGCTACTCCTCCTCACCGCTGTCGCCGCCGCAGCGGACCGGCCGACGGTGTACGAGGCAATCGGATCGTACGGACTTCCGCAAGGCCTTCTGCCGGAGGGGGTGACGAACTACAAGCTCGACGTAGCCACCGGAAAATTCTCCGTTTACTTGGACAAGACGTGCAGCTTCACCATCCAGGGCTACGACCTCAAGTACAAGACCACCGTCACCGGCACGATCTCGAGGAACAGGATCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782282.1
MSSLSRFLLLLLTAVAAAADRPTVYEAIGSYGLPQGLLPEGVTNYKLDVATGKFSVYLDKTCSFTIQGYDLKYKTTVTGTISRNRIRNLTGIQVKILFLWVNIVEVTKDGGNLELSVGIASAGFPAGDFEESPRCGCGFKCANSGRSGGGFSLEKLLPLVQV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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