当前解析结果
SmilChr08G000829| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000829 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000829 |
| 描述 | protein SENESCENCE-ASSOCIATED GENE 21, mitochondrial-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 6128038 - 6129110 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000413 |
|---|---|
| GeneID | 131000413 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000413 |
| 原始查询 | SmilChr08G000829 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein SENESCENCE-ASSOCIATED GENE 21, mitochondrial-like |
| 产物 | protein SENESCENCE-ASSOCIATED GENE 21%2C mitochondrial-like |
| Arabidopsis | AT4G02380 (SAG21)senescence-associated 21 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828053] identity=46.9; qcov=0.98; evalue=1.16e-22; confidence=medium |
| Rice | Os01g0314800 (OsLEA9)- identity=51.9; qcov=0.551; evalue=2.54e-10; confidence=low |
| GO | GO:0005739 (mitochondrion); GO:0006950 (response to stress) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03242 (LEA_3a) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000413 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057782283.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782283.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782283.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782283.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057782283.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:6128508 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr8:6128732 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B22 |
Chr8:6128749 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B115,B23,C59,C75 |
Chr8:6128752 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 62 | A10,A11,A16,A2,A21,A23,A3,A5,A6,A7,A8,B10,B100,B11,B110,B126,B128,B136,B15,B18,B19,B21,B23,B35,B40,B44,B48,B5,B52,B57,B59,B60,B61,B64,B65,B72,B74,B77,B88,B91,B93,B94,B98,C10,C11,C19,C22,C25,C27,C29,C33,C39,C45,C50,C53,C57,C61,C69,C70,C73,C80,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782283.1PF03242
LEA_3a 1-94 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782283.1 |
Pfam | PF03242 |
LEA_3a | Family | 1 | 94 | 7.5e-30 | 104.0 | Late embryogenesis abundant protein (LEA_3a subfamily) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。