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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000837

染色体: Chr08 坐标: 6196071-6200182 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000837
名称SmilChr08G000837
描述blue-light photoreceptor PHR2
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向6196071 - 6200182 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000421
GeneID131000421
locus_tag-
NCBI NameLOC131000421
原始查询SmilChr08G000837

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述blue-light photoreceptor PHR2
产物blue-light photoreceptor PHR2
ArabidopsisAT2G47590 (PHR2)
photolyase/blue-light receptor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819372]
identity=62.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0343400
-
identity=56.4; qcov=0.958; evalue=2.5e-163; confidence=high
GOGO:0000719 (photoreactive repair); GO:0003677 (DNA binding); GO:0071949 (FAD binding)
KEGG-
PfamPF00875 (DNA_photolyase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000421

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057782304.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057782304.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782304.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782304.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782304.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:6197413 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,B139
Chr8:6197472 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr8:6197479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr8:6197577 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr8:6197602 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,C6,C87
Chr8:6197607 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B42,C6,C87
Chr8:6197640 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B132,C6,C87
Chr8:6197675 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C6,C87
Chr8:6197736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,D10
Chr8:6197772 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,D10
Chr8:6198002 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C86
Chr8:6198002 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782304.1
477 aa
N
1
238
477
DNA_photolyase
C
PF00875 DNA_photolyase 118-275 aa
XP_057782305.1
455 aa
N
1
228
455
DNA_photolyase
C
PF00875 DNA_photolyase 118-275 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782304.1 Pfam PF00875 DNA_photolyase Domain 118 275 4.1e-44 151.2 DNA photolyase
XP_057782305.1 Pfam PF00875 DNA_photolyase Domain 118 275 3.8e-44 151.3 DNA photolyase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926322.1
AAAAACAATGAAAATAAAACCCTTGCCCATACAAAGAAAATGAAATAAATAAAATATTGACTTGGAAAGTTTATTCAAACCAGCCTTCCTTAAGCTTGTGTTAATCTGAATCGGATTGCTATTCATATTTCACCAACCACACATAAAGCTAAAGCCCCACCAACCCAAACACAGGGATATTGTTATGTTTTGGTAGTTGAGGTCTGCATAATCGGAAAAGTGTTTGGTGCATGGCTTAATTTTAATTAACAAAAATGGAT...
XM_057926321.1
CAAAATATTTAAGAAAATAAAGCCCAAAATGGCACCAACAAATTCACCACCAAACCCCATTTGAAAGCACAGCAGTCTCGACGAGTGAACGACAACAAACCACTCAGCTTATCCATCATCGCCATCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTGCTTCTTCTCCAATTTCTTCAATCCTTGAAAATGGATTCGAGAATCAGCAACGACAGCTCAGAAACGGCGGAAGAATCCCAAACAGAGCAAACGCAGAGCCAAAATCTTCTCCCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131000421
ATGGATTCGAGAATCAGCAACGACAGCTCAGAAACGGCGGAAGAATCCCAAACAGAGCAAACGCAGAGCCAAAATCTTCTCCCCCTTGCTTCCGCAGCTTCAATCTCCCTCTCTCTCTCCACTCTCCTCCCCTCCCATTTCCTCCCTCCTAAACAAATAACCGCCTCGCCCACCAAAGTCCGAATCCCGTCTCAAATCTCCTCCCTCTCCAACCTCTCTCTCTCCTCCTCCCTCTCCCCTGCAAAACCCCTCTTCAAATC...
LOC131000421
ATGGATTCGAGAATCAGCAACGACAGCTCAGAAACGGCGGAAGAATCCCAAACAGAGCAAACGCAGAGCCAAAATCTTCTCCCCCTTGCTTCCGCAGCTTCAATCTCCCTCTCTCTCTCCACTCTCCTCCCCTCCCATTTCCTCCCTCCTAAACAAATAACCGCCTCGCCCACCAAAGTCCGAATCCCGTCTCAAATCTCCTCCCTCTCCAACCTCTCTCTCTCCTCCTCCCTCTCCCCTGCAAAACCCCTCTTCAAATC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057782304.1
MDSRISNDSSETAEESQTEQTQSQNLLPLASAASISLSLSTLLPSHFLPPKQITASPTKVRIPSQISSLSNLSLSSSLSPAKPLFKSTVSANPLQNTLTLNPLRPSNPSGVGALRRAAVVWFRNDLRIHDNECLTAANNDSISVLPVYCFDPRDYGKSSSGFDKTGPYRATFLTESVADLRKNLQARGSDLVVRIGRPESVLLEVVKAVGADAVYVHREVSHDEVRAEEKVEEVMKDEGVEVKYFWGSTLYHMDDLPFKL...
XP_057782305.1
MDSRISNDSSETAEESQTEQTQSQNLLPLASAASISLSLSTLLPSHFLPPKQITASPTKVRIPSQISSLSNLSLSSSLSPAKPLFKSTVSANPLQNTLTLNPLRPSNPSGVGALRRAAVVWFRNDLRIHDNECLTAANNDSISVLPVYCFDPRDYGKSSSGFDKTGPYRATFLTESVADLRKNLQARGSDLVVRIGRPESVLLEVVKAVGADAVYVHREVSHDEVRAEEKVEEVMKDEGVEVKYFWGSTLYHMDDLPFKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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