当前解析结果
SmilChr08G000842| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000842 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000842 |
| 描述 | pectinesterase inhibitor-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 6229627 - 6230146 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000432 |
|---|---|
| GeneID | 131000432 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000432 |
| 原始查询 | SmilChr08G000842 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | pectinesterase inhibitor-like |
| 产物 | pectinesterase inhibitor-like |
| Arabidopsis | AT5G20740 (AT5G20740)Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832197] identity=30.6; qcov=0.963; evalue=8.48e-13; confidence=low |
| Rice | Os04g0641200 (OsPME16)- identity=30.2; qcov=0.773; evalue=1.01e-08; confidence=low |
| GO | GO:0043086 (negative regulation of catalytic activity); GO:0046910 (pectinesterase inhibitor activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04043 (PMEI) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000432 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057782316.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057782316.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782316.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782316.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782316.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:6229628 |
TAC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 43 | A13,A2,A24,A5,B10,B104,B118,B122,B130,B24,B25,B26,B28,B36,B51,B56,B63,B7,B70,B78,B80,B85,B86,B91,B96,B97,B98,C19,C30,C33,C35,C48,C51,C53,C58,C8,C83,C85,D11,D2,D5,D6,D9 |
Chr8:6229920 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C18,C43,C44,D11 |
Chr8:6229960 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C32,C62,C68 |
Chr8:6230058 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782316.1PF04043
PMEI 20-144 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782316.1 |
Pfam | PF04043 |
PMEI | Domain | 20 | 144 | 4e-22 | 79.7 | Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。