Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000842

染色体: Chr08 坐标: 6229627-6230146 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000842
名称SmilChr08G000842
描述pectinesterase inhibitor-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向6229627 - 6230146 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000432
GeneID131000432
locus_tag-
NCBI NameLOC131000432
原始查询SmilChr08G000842

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pectinesterase inhibitor-like
产物pectinesterase inhibitor-like
ArabidopsisAT5G20740 (AT5G20740)
Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832197]
identity=30.6; qcov=0.963; evalue=8.48e-13; confidence=low
RiceOs04g0641200 (OsPME16)
-
identity=30.2; qcov=0.773; evalue=1.01e-08; confidence=low
GOGO:0043086 (negative regulation of catalytic activity); GO:0046910 (pectinesterase inhibitor activity)
KEGG-
PfamPF04043 (PMEI)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000432

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057782316.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057782316.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782316.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782316.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782316.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:6229628 TAC T 2bp_deletion frameshift_variant 43 A13,A2,A24,A5,B10,B104,B118,B122,B130,B24,B25,B26,B28,B36,B51,B56,B63,B7,B70,B78,B80,B85,B86,B91,B96,B97,B98,C19,C30,C33,C35,C48,C51,C53,C58,C8,C83,C85,D11,D2,D5,D6,D9
Chr8:6229920 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C18,C43,C44,D11
Chr8:6229960 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C32,C62,C68
Chr8:6230058 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782316.1
163 aa
N
1
82
163
PMEI
C
PF04043 PMEI 20-144 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782316.1 Pfam PF04043 PMEI Domain 20 144 4e-22 79.7 Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926333.1
AGCAATACAAATTAAAGGAGGAAAAAGAATGTCTTCCTTTGCCATAATCTTTGTTTCTCTAGCATTATTAAGCCAATGCAAAGCTGATCTAATAGGTGATTTTTGCAAAAAATCAAACAATCCTTCCCTATGCAGCAAAACTCTAAGTTCCGACCCTCGATCCAAAGCTGCCAATGCTCGAGCACTCGCAGAGATTGCGCTCGAGAATGCGGTGTCGGCGACACAAGCCTCCATAAGGGTGGCTAAGTCGGTGGCCAACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000432
ATGTCTTCCTTTGCCATAATCTTTGTTTCTCTAGCATTATTAAGCCAATGCAAAGCTGATCTAATAGGTGATTTTTGCAAAAAATCAAACAATCCTTCCCTATGCAGCAAAACTCTAAGTTCCGACCCTCGATCCAAAGCTGCCAATGCTCGAGCACTCGCAGAGATTGCGCTCGAGAATGCGGTGTCGGCGACACAAGCCTCCATAAGGGTGGCTAAGTCGGTGGCCAACCCTGGCAACAAAGCAATAATCGACACGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782316.1
MSSFAIIFVSLALLSQCKADLIGDFCKKSNNPSLCSKTLSSDPRSKAANARALAEIALENAVSATQASIRVAKSVANPGNKAIIDTCVETFGDAVETLQECKPLIPKQDRPSIDTLRTKGSAALTDVDTCSDEFGAKEPSQLKQASDKAYTFVQLLLIIANTL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器