当前解析结果
SmilChr08G000845| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000845 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000845 |
| 描述 | pectinesterase inhibitor 6-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 6277329 - 6278320 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000431 |
|---|---|
| GeneID | 131000431 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000431 |
| 原始查询 | SmilChr08G000845 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | pectinesterase inhibitor 6-like |
| 产物 | pectinesterase inhibitor 6-like |
| Arabidopsis | AT3G62820 (AT3G62820)Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825457] identity=53.3; qcov=0.958; evalue=1.25e-55; confidence=high |
| Rice | Os06g0711800- identity=33.1; qcov=0.88; evalue=3.62e-19; confidence=low |
| GO | GO:0004857 (enzyme inhibitor activity); GO:0043086 (negative regulation of catalytic activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04043 (PMEI) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000431 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057782315.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782315.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782315.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782315.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057782315.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:6277525 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C85 |
Chr8:6277605 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B74 |
Chr8:6277605 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B74 |
Chr8:6277861 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B113,B55,C21,C36 |
Chr8:6277919 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A19 |
Chr8:6277935 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A20 |
Chr8:6277984 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:6278010 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C65 |
Chr8:6278017 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C57,C81 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782315.1PF04043
PMEI 30-178 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782315.1 |
Pfam | PF04043 |
PMEI | Domain | 30 | 178 | 1.3e-36 | 126.8 | Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。