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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000852

染色体: Chr08 坐标: 6312478-6315050 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000852
名称SmilChr08G000852
描述phytochrome A-associated F-box protein
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向6312478 - 6315050 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000437
GeneID131000437
locus_tag-
NCBI NameLOC131000437
原始查询SmilChr08G000852

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phytochrome A-associated F-box protein
产物phytochrome A-associated F-box protein
ArabidopsisAT4G02440 (EID1)
F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828008]
identity=59.2; qcov=1.06; evalue=2.15e-139; confidence=high
RiceOs05g0365000 (OSJNBb0111K12.4)
-
identity=48.6; qcov=1.01; evalue=5.31e-93; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF27778 (EID2_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000437

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782323.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057782323.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782323.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782323.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782323.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:6313134 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,B22,C38
Chr8:6313140 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,B22,C38
Chr8:6313158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,B22,C38
Chr8:6313266 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B110,B22,B60,C38
Chr8:6313389 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:6313758 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B55,C21,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782323.1
328 aa
N
1
164
328
EID2_C
C
PF27778 EID2_C 199-321 aa
XP_057782324.1
328 aa
N
1
164
328
EID2_C
C
PF27778 EID2_C 199-321 aa
XP_057782325.1
328 aa
N
1
164
328
EID2_C
C
PF27778 EID2_C 199-321 aa
XP_057782326.1
328 aa
N
1
164
328
EID2_C
C
PF27778 EID2_C 199-321 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782323.1 Pfam PF27778 EID2_C Domain 199 321 1.5e-40 138.7 EID1-like F-box protein 2 C-terminal domain
XP_057782324.1 Pfam PF27778 EID2_C Domain 199 321 1.5e-40 138.7 EID1-like F-box protein 2 C-terminal domain
XP_057782325.1 Pfam PF27778 EID2_C Domain 199 321 1.5e-40 138.7 EID1-like F-box protein 2 C-terminal domain
XP_057782326.1 Pfam PF27778 EID2_C Domain 199 321 1.5e-40 138.7 EID1-like F-box protein 2 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926340.1
AAAGAATTATAAAGTCCATTTTATATCATATCATGTGTGCATCTACTTGACCTTTCATTATTTTACATAAAGTGAGTGTCGTTTTGTAATACTCCTATATACATTGAATTGCTTCTACACGTGCATGATTGTTCCACTAACCATATGCCGCCATAGGCGTAGCAGCAACTTTATTCTTGTCACACGGCATTTGAAAATCATTCCCATAAATTTCCTACCACATAAATTGCTGCACAAAATTAAATTTGCAACTTCAGCCC...
XM_057926342.1
AAAGAATTATAAAGTCCATTTTATATCATATCATGTGTGCATCTACTTGACCTTTCATTATTTTACATAAAGTGAGTGTCGTTTTGTAATACTCCTATATACATTGAATTGCTTCTACACGTGCATGATTGTTCCACTAACCATATGCCGCCATAGGCGTAGCAGCAACTTTATTCTTGTCACACGGCATTTGAAAATCATTCCCATAAATTTCCTACCACATAAATTGCTGCACAAAATTAAATTTGCAACTTCAGCCC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131000437
ATGTCTGAAAGCGTTTTCTCGAAGCTCTCCGACGACGTCATCCTCAACATACTTTACAAGCTCCAAGACGATCCCCGGATTTGGGCTCGAATTGCCTGCGTCTCCACCAAATTCTCCGCCCTAATCAGGACCGTCTGCTGGAGAACAAAATGCTCGCAGTCGATCCCCGCCGTCGTCTCCGATCTCCAGCCGGATGCGGCGGCGCCCGGCGGTTGGTCGTCTCTCTACAAGCTCTCCGTGTGCTGCCCGGGACTCCTCCA...
LOC131000437
ATGTCTGAAAGCGTTTTCTCGAAGCTCTCCGACGACGTCATCCTCAACATACTTTACAAGCTCCAAGACGATCCCCGGATTTGGGCTCGAATTGCCTGCGTCTCCACCAAATTCTCCGCCCTAATCAGGACCGTCTGCTGGAGAACAAAATGCTCGCAGTCGATCCCCGCCGTCGTCTCCGATCTCCAGCCGGATGCGGCGGCGCCCGGCGGTTGGTCGTCTCTCTACAAGCTCTCCGTGTGCTGCCCGGGACTCCTCCA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057782323.1
MSESVFSKLSDDVILNILYKLQDDPRIWARIACVSTKFSALIRTVCWRTKCSQSIPAVVSDLQPDAAAPGGWSSLYKLSVCCPGLLHSGVLLENSDFGLEREIGPDENYKEHRMSRAAESGREEVASSSSRDRQPVVSVPDSVWSLYDDLLFDTLYSDSATLAAEASAERPEIQPEVRETEDRNPDVSACKKRKIYRSHGSHLASGIWNLSREQGNKLLASRFKGDSLYICDRPGCVHVEEKRNYMLFRGIFKNFKQSRV...
XP_057782324.1
MSESVFSKLSDDVILNILYKLQDDPRIWARIACVSTKFSALIRTVCWRTKCSQSIPAVVSDLQPDAAAPGGWSSLYKLSVCCPGLLHSGVLLENSDFGLEREIGPDENYKEHRMSRAAESGREEVASSSSRDRQPVVSVPDSVWSLYDDLLFDTLYSDSATLAAEASAERPEIQPEVRETEDRNPDVSACKKRKIYRSHGSHLASGIWNLSREQGNKLLASRFKGDSLYICDRPGCVHVEEKRNYMLFRGIFKNFKQSRV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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