Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000853

染色体: Chr08 坐标: 6318696-6330647 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000853
名称SmilChr08G000853
描述beta-glucosidase 10-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向6318696 - 6330647 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000438
GeneID131000438
locus_tag-
NCBI NameLOC131000438
原始查询SmilChr08G000853

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述beta-glucosidase 10-like
产物beta-glucosidase 10-like
ArabidopsisAT1G02850 (BGLU11)
beta glucosidase 11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839435]
identity=58.1; qcov=0.992; evalue=9.3e-172; confidence=high
RiceOs05g0366600 (Os5bglu22)
-
identity=54.7; qcov=1.01; evalue=1.94e-162; confidence=high
GOGO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0008422 (beta-glucosidase activity)
KEGGsmil00460 (Cyanoamino acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00500 (Starch and sucrose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00999 (Biosynthesis of various plant secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00232 (Glyco_hydro_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000438

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057782329.1
2 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057782327.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057782328.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782327.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782327.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:6320232 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B136,B91,B95,C53
Chr8:6320328 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,B24
Chr8:6320810 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B24,C43,C44,D11
Chr8:6320927 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr8:6320929 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr8:6321161 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B13
Chr8:6321197 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B97
Chr8:6321313 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr8:6321337 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B45,B75,B89,C6
Chr8:6328275 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B48,B67,C25
Chr8:6328388 A AAG 2bp_insertion frameshift_variant 1 D4
Chr8:6328388 A AAG 2bp_insertion CDS_variant 1 D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782327.1
487 aa
N
1
244
487
Glyco_hydro_1
C
PF00232 Glyco_hydro_1 27-479 aa
XP_057782328.1
413 aa
N
1
206
413
Glyco_hydro_1
C
PF00232 Glyco_hydro_1 27-396 aa
XP_057782329.1
399 aa
N
1
200
399
Glyco_hydro_1
C
PF00232 Glyco_hydro_1 1-391 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782327.1 Pfam PF00232 Glyco_hydro_1 Domain 27 479 1e-144 483.2 Glycosyl hydrolase family 1
XP_057782328.1 Pfam PF00232 Glyco_hydro_1 Domain 27 396 1.2e-115 387.4 Glycosyl hydrolase family 1
XP_057782329.1 Pfam PF00232 Glyco_hydro_1 Domain 1 391 4.6e-116 388.8 Glycosyl hydrolase family 1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926344.1
CCATCAATAACATTGCCAACTTTCCATCAAAGGAAAGAAAATAATCTTAAAATCACATCGACATTATTGACAGGGATAGCACGTGGACAGCTTATACTAAGATCAAACAAACTCGCTCTAATTCATCGTATGAAAAGAGTGGTACGACTGCTATTGAAGCACCAATCCCTGAGCAGAAACCGATATGGTGAATGCTATGATCTCAACGCTTTTTCTGGTGGTGGTGCACTTCGGCGGCGCCGCCGTCGAGGGCTACGGGC...
XM_057926345.1
CCATCAATAACATTGCCAACTTTCCATCAAAGGAAAGAAAATAATCTTAAAATCACATCGACATTATTGACAGGGATAGCACGTGGACAGCTTATACTAAGATCAAACAAACTCGCTCTAATTCATCGTATGAAAAGAGTGGTACGACTGCTATTGAAGCACCAATCCCTGAGCAGAAACCGATATGGTGAATGCTATGATCTCAACGCTTTTTCTGGTGGTGGTGCACTTCGGCGGCGCCGCCGTCGAGGGCTACGGGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131000438
ATGGTGAATGCTATGATCTCAACGCTTTTTCTGGTGGTGGTGCACTTCGGCGGCGCCGCCGTCGAGGGCTACGGGCGAGCTGATTTCCCGGCGGACTTTGTTTTCGGCTCTGGAACCGCCGCGTATCAGTACGAGGGAGCGGCCTTTGAGGATGGAAGAACTCCTAGCTTTTGGGACACTTTCGCTCACTCTGGTGGCACAGAAGGTGCCAATGGAGACGTTGCATGCGATGGATATCACAAGTACAAGGAGGATGTAAA...
LOC131000438
ATGGTGAATGCTATGATCTCAACGCTTTTTCTGGTGGTGGTGCACTTCGGCGGCGCCGCCGTCGAGGGCTACGGGCGAGCTGATTTCCCGGCGGACTTTGTTTTCGGCTCTGGAACCGCCGCGTATCAGTACGAGGGAGCGGCCTTTGAGGATGGAAGAACTCCTAGCTTTTGGGACACTTTCGCTCACTCTGGTGGCACAGAAGGTGCCAATGGAGACGTTGCATGCGATGGATATCACAAGTACAAGGAGGATGTAAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057782327.1
MVNAMISTLFLVVVHFGGAAVEGYGRADFPADFVFGSGTAAYQYEGAAFEDGRTPSFWDTFAHSGGTEGANGDVACDGYHKYKEDVKLMSEMGLEAFRFSISWSRLIPAGRGPLNPKGLQYYNNLINQLINNGIEPHVTLYHIDLPQILEDEYGGWLSTKVVDDFRAYAEVCFREFGDRVRHWTTVNEANIFTMGGYVQGTSPPGRCSSCSKGNSSTEPYVVGHNILLAHSAAARLYKEKYKAAQKGYVGFNIYVLWPVP...
XP_057782328.1
MVNAMISTLFLVVVHFGGAAVEGYGRADFPADFVFGSGTAAYQYEGAAFEDGRTPSFWDTFAHSGGTEGANGDVACDGYHKYKEDVKLMSEMGLEAFRFSISWSRLIPAGRGPLNPKGLQYYNNLINQLINNGIEPHVTLYHIDLPQILEDEYGGWLSTKVVDDFRAYAEVCFREFGDRVRHWTTVNEANIFTMGGYVQGTSPPGRCSSCSKGNSSTEPYVVGHNILLAHSAAARLYKEKYKAAQKGYVGFNIYVLWPVP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器