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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000863

染色体: Chr08 坐标: 6387906-6391083 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000863
名称SmilChr08G000863
描述thiamine pyrophosphokinase 1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向6387906 - 6391083 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000450
GeneID131000450
locus_tag-
NCBI NameLOC131000450
原始查询SmilChr08G000863

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述thiamine pyrophosphokinase 1
产物thiamine pyrophosphokinase 1
ArabidopsisAT1G02880 (TPK1)
thiamine pyrophosphokinase1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839303]
identity=67.4; qcov=0.972; evalue=2.5e-79; confidence=high
RiceOs01g0931400 (ROX1)
-
identity=64.1; qcov=0.96; evalue=8.57e-77; confidence=high
GOGO:0004788 (thiamine diphosphokinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006772 (thiamine metabolic process); GO:0009229 (thiamine diphosphate biosynthetic process); GO:0030975 (thiamine binding)
KEGGsmil00730 (Thiamine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04263 (TPK_catalytic); PF04265 (TPK_B1_binding)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000450

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057782345.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057782345.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057782345.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782345.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782345.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:6388493 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B62
Chr8:6388968 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr8:6388977 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B68,C41
Chr8:6389051 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C18,C78,C9
Chr8:6389416 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:6390632 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782345.1
265 aa
N
1
132
265
TPK_catalytic
TPK_B1_binding
C
PF04263 TPK_catalytic 42-167 aa PF04265 TPK_B1_binding 184-250 aa
XP_057782346.1
262 aa
N
1
131
262
TPK_catalytic
TPK_B1_binding
C
PF04263 TPK_catalytic 42-167 aa PF04265 TPK_B1_binding 184-250 aa
XP_057782347.1
174 aa
N
1
87
174
TPK_catalytic
TPK_B1_binding
C
PF04263 TPK_catalytic 1-79 aa PF04265 TPK_B1_binding 96-162 aa
XP_057782348.1
177 aa
N
1
88
177
TPK_catalytic
TPK_B1_binding
C
PF04263 TPK_catalytic 1-79 aa PF04265 TPK_B1_binding 96-162 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782345.1 Pfam PF04263 TPK_catalytic Domain 42 167 2.7e-38 131.1 Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain
XP_057782345.1 Pfam PF04265 TPK_B1_binding Domain 184 250 4e-21 75.2 Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain
XP_057782346.1 Pfam PF04263 TPK_catalytic Domain 42 167 2.7e-38 131.1 Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain
XP_057782346.1 Pfam PF04265 TPK_B1_binding Domain 184 250 3.9e-21 75.2 Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain
XP_057782347.1 Pfam PF04263 TPK_catalytic Domain 1 79 9.4e-21 74.6 Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain
XP_057782347.1 Pfam PF04265 TPK_B1_binding Domain 96 162 1.8e-21 76.4 Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain
XP_057782348.1 Pfam PF04263 TPK_catalytic Domain 1 79 9.8e-21 74.5 Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain
XP_057782348.1 Pfam PF04265 TPK_B1_binding Domain 96 162 1.8e-21 76.3 Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926363.1
AAAGAAAAAGATTTTAGGATTTATCTTCAAAATAAATATAGTTATTTATGCAAACGGAAGCGCGATTGACCGCGTAACAAGATTCCCCTTCACATGTTCATATCTCCCTCACAAAAACCCGAAAATTTTCGGAAATTCTCTCATATTATCGAATTCATTGCGTAAACTGATCGATCGTGTCAGCGCGATTTCGAGCTATGGAGTTAATGACTCATTCGTCTTCCTTCCTCCTTCCCAATCCGCAGGCCGCCGCAGATGGC...
XM_057926362.1
AAAGAAAAAGATTTTAGGATTTATCTTCAAAATAAATATAGTTATTTATGCAAACGGAAGCGCGATTGACCGCGTAACAAGATTCCCCTTCACATGTTCATATCTCCCTCACAAAAACCCGAAAATTTTCGGAAATTCTCTCATATTATCGAATTCATTGCGTAAACTGATCGATCGTGTCAGCGCGATTTCGAGCTATGGAGTTAATGACTCATTCGTCTTCCTTCCTCCTTCCCAATCCGCAGGCCGCCGCAGATGGC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131000450
ATGGAGTTAATGACTCATTCGTCTTCCTTCCTCCTTCCCAATCCGCAGGCCGCCGCAGATGGCGGTGCGGCGCTCACGTACGTGCTCGTCGTCCTCAACCGGGACCTGCCGCGATTCACTCCGCTTCTGTGGAAGAACGCACAAATTCGTATCTGCGCCGACGGTGGTGCGAACAGATTGTATGATGAATTGCCGCTGTTGTTCCCTGATGAAGCCACTTCAGCTGTTCGTGAAAGGTATAAGCCAGACTTAATAAAGGG...
LOC131000450
ATGGATTCCGTTAGGCTAGAAGTTTCACAATTCTACAGAAAGTTGGGAACTGATGTAGTTGATGCTTCAGATGACCAGGACACCACAGATTTGCATAAATGTGTTGCATATATTCAAGATTTACCTAATCTGAAGAATCAAAATACTTGCATCCTTGTTGCTGGAGCACTAGGTGGAAGATTTGATCACGAGGTTGGCAACATCAACGTCCTCTGCCGTTTCTCGAGCACACGGATAGTTCTTCTATCGGATGATTGCCT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057782345.1
MELMTHSSSFLLPNPQAAADGGAALTYVLVVLNRDLPRFTPLLWKNAQIRICADGGANRLYDELPLLFPDEATSAVRERYKPDLIKGDMDSVRLEVSQFYRKLGTDVVDASDDQDTTDLHKCVAYIQDLPNLKNQNTCILVAGALGGRFDHEVGNINVLCRFSSTRIVLLSDDCLIQLLPSSYHHEIHIHPSIEGPHCGLVPISGPSKSSTTTGLQWNLSDTEMRFGGLISTSNLVKDEIVTVRSDADLLWTISLKKIDR...
XP_057782346.1
MELMTHSSSFLLPNPQAAADGGAALTYVLVVLNRDLPRFTPLLWKNAQIRICADGGANRLYDELPLLFPDEATSAVRERYKPDLIKGDMDSVRLEVSQFYRKLGTDVVDASDDQDTTDLHKCVAYIQDLPNLKNQNTCILVAGALGGRFDHEVGNINVLCRFSSTRIVLLSDDCLIQLLPSSYHHEIHIHPSIEGPHCGLVPISGPSKSSTTTGLQWNLSDTEMRFGGLISTSNLVKDEIVTVRSDADLLWTISLKKIDR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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