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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000866

染色体: Chr08 坐标: 6436275-6437691 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000866
名称SmilChr08G000866
描述uncharacterized SmilChr08G000866
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向6436275 - 6437691 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000453
GeneID131000453
locus_tag-
NCBI NameLOC131000453
原始查询SmilChr08G000866

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827953]; symbol=AT4G02485; hit=AT4G02485; species=arabidopsis; confidence=high
产物2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827953]; symbol=AT4G02485; hit=AT4G02485; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G02485 (AT4G02485)
2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827953]
identity=57.1; qcov=0.963; evalue=4.69e-77; confidence=high
RiceOs11g0657200
-
identity=48.1; qcov=1.09; evalue=9.17e-73; confidence=high
GOGO:0005759 (mitochondrial matrix); GO:0006631 (fatty acid metabolic process); GO:0006974 (DNA damage response)
KEGG-
PfamPF13532 (2OG-FeII_Oxy_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000453

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782352.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057782352.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057782352.1
4 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057782352.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782352.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:6436552 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B62
Chr8:6436619 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr8:6436702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr8:6437389 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,B53
Chr8:6437427 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782352.1
244 aa
N
1
122
244
2OG-FeII_Oxy_2
C
PF13532 2OG-FeII_Oxy_2 96-234 aa
XP_057782353.1
240 aa
N
1
120
240
2OG-FeII_Oxy_2
C
PF13532 2OG-FeII_Oxy_2 117-230 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782352.1 Pfam PF13532 2OG-FeII_Oxy_2 Domain 96 234 4.4e-11 44.1 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily
XP_057782353.1 Pfam PF13532 2OG-FeII_Oxy_2 Domain 117 230 5.1e-11 43.9 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926370.1
TTAACTGAGAGGTTTATGATTCATTCCTCCCTTGTTCCCAACACACACACAAATAAAATAAATAAAATTAGTAAGATTTTGAATAATAAATGGGATTTTATATAATTATAGACAAGTAGTCGCGTTATCGAGCCGCGCCTTTTCAGTGTGAAGCTCTGTACCGTTTTGTCCTTCAAAATCGTTGGTAGATCGCGGGATGAAATGGCGGCGGCGGAGGAGGTGAAAGCGATTCTGAGGGAAGCATTCGGCGATTCATCGTC...
XM_057926369.1
AGGTTTATGATTCATTCCTCCCTTGTTCCCAACACACACACAAATAAAATAAATAAAATTAGTAAGATTTTGAATAATAAATGGGATTTTATATAATTATAGACAAGTAGTCGCGTTATCGAGCCGCGCCTTTTCAGTGTGAAGCTCTGTACCGTTTTGTCCTTCAAAATCGTTGGTAGATCGCGGGATGAAATGGCGGCGGCGGAGGAGGTGAAAGCGATTCTGAGGGAAGCATTCGGCGATTCATCGTCGGAAAGCGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131000453
ATGGCGGCGGCGGAGGAGGTGAAAGCGATTCTGAGGGAAGCATTCGGCGATTCATCGTCGGAAAGCGACAGTGAATCTTCGGCTGATTGCAATCGAATCAGCGATTGGAGCGACGAAATCGCGAGGCCTCTCTCAATTTTTGGGGATAGCCACACATGGGAGCAGATCACTGAAATCAATGGCCTCTGGATATGCAGCGATTTTCTGTCTCCCGATCAGCAGTCTTCGCTGCTATCTGCCCTTGAACAAGATGGATATGT...
LOC131000453
ATGGCGGCGGCGGAGGAGGTGAAAGCGATTCTGAGGGAAGCATTCGGCGATTCATCGTCGGAAAGCGACAGTGAATCTTCGGCTGATTGCAATCGAATCAGCGATTGGAGCGACGAAATCGCGAGGCCTCTCTCAATTTTTGGGGATAGCCACACATGGGAGCAGATCACTGAAATCAATGGCCTCTGGATATGCAGCGATTTTCTGTCTCCCGATCAGCAGTCTTCGCTGCTATCTGCCCTTGAACAAGGTGACGCCTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057782352.1
MAAAEEVKAILREAFGDSSSESDSESSADCNRISDWSDEIARPLSIFGDSHTWEQITEINGLWICSDFLSPDQQSSLLSALEQDGYVGDASHNQGMRFGDLPRWAVELSRSIRENIVVSENKEQRLFPAEVLWREPLFNQLIVNVYQPGEGIAAHVDLMRFEDGIAIVSLESACVMHFTQGSSSVPLLLLPGSLVLMWGEARYLWKHEINRKPGFQIWEAQEIHQKRRTSITLRSLSPTPQPLA
XP_057782353.1
MAAAEEVKAILREAFGDSSSESDSESSADCNRISDWSDEIARPLSIFGDSHTWEQITEINGLWICSDFLSPDQQSSLLSALEQGDASHNQGMRFGDLPRWAVELSRSIRENIVVSENKEQRLFPAEVLWREPLFNQLIVNVYQPGEGIAAHVDLMRFEDGIAIVSLESACVMHFTQGSSSVPLLLLPGSLVLMWGEARYLWKHEINRKPGFQIWEAQEIHQKRRTSITLRSLSPTPQPLA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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