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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000871`

染色体: Chr08 坐标: 6453883-6458285 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000871`
名称	SmilChr08G000871
描述	protein LOW PSII ACCUMULATION 1, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	6453883 - 6458285 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000458`
GeneID	`131000458`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000458`
原始查询	`SmilChr08G000871`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein LOW PSII ACCUMULATION 1, chloroplastic
产物	protein LOW PSII ACCUMULATION 1%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G02910` (LPA1) tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839350] identity=77.1; qcov=0.83; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0358300` - identity=73.2; qcov=0.838; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0009507 (chloroplast); GO:0010270 (photosystem II oxygen evolving complex assembly)
KEGG	-
Pfam	PF07719 (TPR_2); PF11998 (DUF3493); PF13181 (TPR_8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000458

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057782358.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057782358.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057782358.1`
4	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.40000	`XP_057782358.1`
5	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.20000	`XP_057782358.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:6454862`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B125
`Chr8:6454886`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B126,C2
`Chr8:6455680`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B36
`Chr8:6455778`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,C8
`Chr8:6456277`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr8:6456485`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr8:6456660`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,C16
`Chr8:6456942`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B133,B68,B82,C86,D7
`Chr8:6456968`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr8:6457285`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,C16
`Chr8:6458205`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B128

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782358.1

458 aa

229

458

TPR_2

TPR_8

DUF3493

PF07719 TPR_2 80-112 aa PF13181 TPR_8 80-112 aa PF11998 DUF3493 188-265 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782358.1`	Pfam	`PF07719`	TPR_2	Repeat	80	112	9.2e-11	41.7	Tetratricopeptide repeat
`XP_057782358.1`	Pfam	`PF13181`	TPR_8	Repeat	80	112	1e-05	26.0	Tetratricopeptide repeat
`XP_057782358.1`	Pfam	`PF11998`	DUF3493	Family	188	265	3e-25	88.9	Low psii accumulation1 / Rep27

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009093737.1
ATCGGATGGCAACCGTTTCAGTTTGGAATTTTGGATAAACCGATAGATATTTGCCTATGAATTATTCTCAATGGCCACGGCAAATTTTGCACCACCCCTCCACCACCACTTCCGCCGTTGCCCGTCGCATTGCTCCCCGCCAAATCCGAGCTCGTTGTTGATATCAAAGGCATGGCTCCATAGCAGAAAATTGTCGCCCTCTTACTCGTATTGGGCGTCAATCGAGCTCGCGAAAATCACTCATGGACAGTCAGCTAATT...

XM_057926375.1
CGGATGGCAACCGTTTCAGTTTGGAATTTTGGATAAACCGATAGATATTTGCCTATGAATTATTCTCAATGGCCACGGCAAATTTTGCACCACCCCTCCACCACCACTTCCGCCGTTGCCCGTCGCATTGCTCCCCGCCAAATCCGAGCTCGTTGTTGATATCAAAGGCATGGCTCCATAGCAGAAAATTGTCGCCCTCTTACTCGTATTGGGCGTCAATCGAGCTCGCGAAAATCACTCATGGACAGTCAGCTAATTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000458
ATGGCCACGGCAAATTTTGCACCACCCCTCCACCACCACTTCCGCCGTTGCCCGTCGCATTGCTCCCCGCCAAATCCGAGCTCGTTGTTGATATCAAAGGCATGGCTCCATAGCAGAAAATTGTCGCCCTCTTACTCGTATTGGGCGTCAATCGAGCTCGCGAAAATCACTCATGGACAGTCAGCTAATTGCTCCCCGTCGCCATCCTCTACTTCGCCGGACGTTAGTGCCTCCACGGCTGAGTCATGTGTTAACTTGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782358.1
MATANFAPPLHHHFRRCPSHCSPPNPSSLLISKAWLHSRKLSPSYSYWASIELAKITHGQSANCSPSPSSTSPDVSASTAESCVNLGLSLFAKGRVKDALEQFDTALTLDPNPVEAQAALYNKACCHAYREEAKKAAECLRTALREYDLKFGTILNDPDLASFRATPEFKELQEEARMGGEDIGYGFRRDLKLISEVQAPFRGIRRFFYVAFTAAAGISLLFTIPRLFAAIKGGDGAPDLLQTSENAGINIGGIIAFVAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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