Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000874`

染色体: Chr08 坐标: 6479466-6483377 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000874`
名称	SmilChr08G000874
描述	putative indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.9
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	6479466 - 6483377 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000460`
GeneID	`131000460`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000460`
原始查询	`SmilChr08G000874`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.9
产物	putative indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.9
Arabidopsis	`AT2G47750` (GH3.9) putative indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819387] identity=67.9; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os11g0528700` (TLD2) - identity=55; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016881 (acid-amino acid ligase activity)
KEGG	smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03321 (GH3); PF23571 (GH3_M); PF23572 (GH3_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000460

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057782359.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057782359.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057782359.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782359.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782359.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:6479862`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B27,B52
`Chr8:6479987`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18
`Chr8:6480539`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,C78,C9
`Chr8:6480572`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C21,C36,C81
`Chr8:6480587`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,C26
`Chr8:6480755`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B140,B99,C87
`Chr8:6480859`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B27,B52,C12
`Chr8:6480872`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B31,B40,B44,C26,C56
`Chr8:6481190`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C28,C4,D10
`Chr8:6481265`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:6482659`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr8:6482689`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782359.1

605 aa

302

605

GH3

GH3_M

GH3_C

PF03321 GH3 14-324 aa PF23571 GH3_M 355-442 aa PF23572 GH3_C 457-581 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782359.1`	Pfam	`PF03321`	GH3	Domain	14	324	1.5e-108	363.3	GH3 family N-terminal domain
`XP_057782359.1`	Pfam	`PF23571`	GH3_M	Domain	355	442	5.2e-30	104.0	GH3 family central domain
`XP_057782359.1`	Pfam	`PF23572`	GH3_C	Domain	457	581	2.8e-37	128.7	GH3 family C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926376.1
ACACAATTTTTTTCGAGCCATACCATACAAAATAGTCATCAATCCAAAAAGGGCAAAAAATAGCCTTCTTAATTATTTCCCTTTCTTTTTTCACAATAATATTTTTTAAATGGACGGCAAGAAATTGGAATACAAAGGCGACGAAGCACTGAATGAGCTGGAGAGGCTGACGACTAAAGCAGGTGAAGTTCAACAAGAAATTTTGAGGAAAATTTTGGAACAGAATTGTGATACAGAATACTTGAAAAAATATTTGGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000460
ATGGACGGCAAGAAATTGGAATACAAAGGCGACGAAGCACTGAATGAGCTGGAGAGGCTGACGACTAAAGCAGGTGAAGTTCAACAAGAAATTTTGAGGAAAATTTTGGAACAGAATTGTGATACAGAATACTTGAAAAAATATTTGGGAAACTCATCAATATCAGCAAAAAACGTGGTTCATTTTAAGAATCGTGTTCCTGCAATCTCGTACAAGGATATTCGTCCTTACATTGTGAGAATCGCTAATGGCGAAGACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782359.1
MDGKKLEYKGDEALNELERLTTKAGEVQQEILRKILEQNCDTEYLKKYLGNSSISAKNVVHFKNRVPAISYKDIRPYIVRIANGEDSTLITAHPIIEMLCSSGTSAGEPKLMPSIAEDLDRRTFVYNLIMPIVNQHVSGLDEGKAMYLYFVKAEMSTPCGLSARTVLTSYYKSAHFTRRPHDPYNDFTSPDAAILCPDSNQSMYCQLLAGLVHRRRVLRLGAVFASALLRAISFLERHWRDLCRDIRAGALDAAVSDAAC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器