当前解析结果
SmilChr08G000878| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000878 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000878 |
| 描述 | glutathione S-transferase PARB-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 6494117 - 6495464 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000463 |
|---|---|
| GeneID | 131000463 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000463 |
| 原始查询 | SmilChr08G000878 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glutathione S-transferase PARB-like |
| 产物 | glutathione S-transferase PARB-like |
| Arabidopsis | AT1G02920 (GSTF7)glutathione S-transferase 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839295] identity=55.6; qcov=0.967; evalue=1.4e-82; confidence=high |
| Rice | Os01g0933900 (OsGSTF4)- identity=46.1; qcov=0.953; evalue=6.08e-60; confidence=high |
| GO | GO:0004364 (glutathione transferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0043295 (glutathione binding) |
| KEGG | smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00043 (GST_C); PF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13410 (GST_C_2); PF13417 (GST_N_3); PF14497 (GST_C_3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000463 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057782362.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782362.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782362.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782362.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057782362.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:6494489 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C11,C69 |
Chr8:6494523 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B129,B79,C15 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782362.1PF02798
GST_N 1-75 aa
PF13409
GST_N_2 12-76 aa
PF13417
GST_N_3 14-80 aa
PF00043
GST_C 116-202 aa
PF13410
GST_C_2 133-196 aa
PF14497
GST_C_3 137-203 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782362.1 |
Pfam | PF02798 |
GST_N | Domain | 1 | 75 | 1.8e-22 | 80.1 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057782362.1 |
Pfam | PF13409 |
GST_N_2 | Domain | 12 | 76 | 2.1e-13 | 51.4 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057782362.1 |
Pfam | PF13417 |
GST_N_3 | Domain | 14 | 80 | 7.2e-14 | 52.6 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057782362.1 |
Pfam | PF00043 |
GST_C | Domain | 116 | 202 | 5.5e-15 | 56.1 | Glutathione S-transferase, C-terminal domain |
XP_057782362.1 |
Pfam | PF13410 |
GST_C_2 | Domain | 133 | 196 | 2.6e-06 | 28.2 | Glutathione S-transferase, C-terminal domain |
XP_057782362.1 |
Pfam | PF14497 |
GST_C_3 | Domain | 137 | 203 | 7.2e-05 | 23.7 | Glutathione S-transferase, C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。