Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000880`

染色体: Chr08 坐标: 6506561-6507840 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000880`
名称	SmilChr08G000880
描述	glutathione S-transferase APIC-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	6506561 - 6507840 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000466`
GeneID	`131000466`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000466`
原始查询	`SmilChr08G000880`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glutathione S-transferase APIC-like
产物	glutathione S-transferase APIC-like
Arabidopsis	`AT1G02920` (GSTF7) glutathione S-transferase 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839295] identity=57.3; qcov=0.963; evalue=7.95e-83; confidence=high
Rice	`Os01g0933900` (OsGSTF4) - identity=47.5; qcov=0.953; evalue=4.43e-64; confidence=high
GO	GO:0004364 (glutathione transferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0043295 (glutathione binding)
KEGG	smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00043 (GST_C); PF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13410 (GST_C_2); PF13417 (GST_N_3); PF14497 (GST_C_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000466

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057782364.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057782364.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782364.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782364.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057782364.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:6507291`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B44,C12,C26,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782364.1

214 aa

107

214

GST_N

GST_N_2

GST_N_3

GST_C

GST_C_2

GST_C_3

PF02798 GST_N 1-76 aa PF13409 GST_N_2 10-76 aa PF13417 GST_N_3 11-81 aa PF00043 GST_C 112-202 aa PF13410 GST_C_2 131-195 aa PF14497 GST_C_3 135-204 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782364.1`	Pfam	`PF02798`	GST_N	Domain	1	76	6.9e-20	71.9	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057782364.1`	Pfam	`PF13409`	GST_N_2	Domain	10	76	6.6e-13	49.8	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057782364.1`	Pfam	`PF13417`	GST_N_3	Domain	11	81	3.8e-12	47.1	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057782364.1`	Pfam	`PF00043`	GST_C	Domain	112	202	1.7e-16	60.9	Glutathione S-transferase, C-terminal domain
`XP_057782364.1`	Pfam	`PF13410`	GST_C_2	Domain	131	195	1.3e-08	35.5	Glutathione S-transferase, C-terminal domain
`XP_057782364.1`	Pfam	`PF14497`	GST_C_3	Domain	135	204	1.8e-06	28.8	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926381.1
CCGAATCCCACATGTTATACCCCCTTTTCATAGACATAAGTACTAGATATATACATGTGACGTATGTACACATGTAATTTGTGTACATACCAATAATTAGAACCACTTATTTAGAAAATTTTAAATTTATTTTGGTGAAAGCTTCTCAAGGTATTAAATTGGTATAAATAGCTGCTCCATATCTCCTACTGCAAACATCTCCAACAATTAACCAATTCATCATTCATTAATCTCCAAATCCATCTTCTTCTTCTTCAATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000466
ATGACGATCAAGGTCCACGGCGGCATCTTCTCAACTGCAACGTTGAGAGTTCGGGTTTGCCTCACTGAGAAATCTCTCGACTACGAGTTTATCCCCGTCGACTTGCGCTCCGGCGACCACAAGAAGGAACCTTTCATATCTCTCAACCCGTTCGGCCAAATCCCGGCCTTTGAAGATGGAGACCTCAACCTCTTTGAATCGAGGGCTATCACTCGGTACATCGCCCGTGCATATGCCGGAGAAGGTACTCCACTAGTATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782364.1
MTIKVHGGIFSTATLRVRVCLTEKSLDYEFIPVDLRSGDHKKEPFISLNPFGQIPAFEDGDLNLFESRAITRYIARAYAGEGTPLVSSDVKKAAVAEVWAEVEAQRYEPPAAKLTWELGIKPILGMPTDDDVVKAQEAELAKVLDVYEARLAHSKYLGGDAFTLADLHHLPTLKYLMATPVKAIFDARPHVAAWAADITARPSWQKVLADCGLN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器