当前解析结果
SmilChr08G000881| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000881 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000881 |
| 描述 | glutathione S-transferase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 6515571 - 6516634 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000467 |
|---|---|
| GeneID | 131000467 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000467 |
| 原始查询 | SmilChr08G000881 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glutathione S-transferase-like |
| 产物 | glutathione S-transferase-like |
| Arabidopsis | AT1G02930 (GSTF6)glutathione S-transferase 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839515] identity=56.3; qcov=0.981; evalue=3.89e-82; confidence=high |
| Rice | Os01g0371500 (OsGSTF10)- identity=46.4; qcov=0.995; evalue=1.64e-58; confidence=high |
| GO | GO:0004364 (glutathione transferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0043295 (glutathione binding) |
| KEGG | smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00043 (GST_C); PF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13410 (GST_C_2); PF13417 (GST_N_3); PF14497 (GST_C_3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000467 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057782365.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782365.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782365.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782365.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057782365.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:6515814 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B44,C12,C26 |
Chr8:6515883 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr8:6516059 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B11,B122,B42,B43,C8 |
Chr8:6516102 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B41,B99,C18,C87 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782365.1PF02798
GST_N 1-75 aa
PF13417
GST_N_3 6-81 aa
PF13409
GST_N_2 10-76 aa
PF00043
GST_C 121-202 aa
PF13410
GST_C_2 130-196 aa
PF14497
GST_C_3 139-203 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782365.1 |
Pfam | PF02798 |
GST_N | Domain | 1 | 75 | 2.9e-23 | 82.7 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057782365.1 |
Pfam | PF13417 |
GST_N_3 | Domain | 6 | 81 | 3.1e-15 | 57.0 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057782365.1 |
Pfam | PF13409 |
GST_N_2 | Domain | 10 | 76 | 3.2e-14 | 54.0 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057782365.1 |
Pfam | PF00043 |
GST_C | Domain | 121 | 202 | 1.2e-13 | 51.8 | Glutathione S-transferase, C-terminal domain |
XP_057782365.1 |
Pfam | PF13410 |
GST_C_2 | Domain | 130 | 196 | 5.8e-07 | 30.3 | Glutathione S-transferase, C-terminal domain |
XP_057782365.1 |
Pfam | PF14497 |
GST_C_3 | Domain | 139 | 203 | 0.0001 | 23.2 | Glutathione S-transferase, C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。