当前解析结果
SmilChr08G000888| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000888 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000888 |
| 描述 | homeobox protein LUMINIDEPENDENS |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 6575257 - 6582208 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000476 |
|---|---|
| GeneID | 131000476 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000476 |
| 原始查询 | SmilChr08G000888 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | homeobox protein LUMINIDEPENDENS |
| 产物 | homeobox protein LUMINIDEPENDENS |
| Arabidopsis | AT4G02560 (LD)Homeodomain-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827904] identity=53.7; qcov=0.541; evalue=7.07e-150; confidence=medium |
| Rice | Os01g0934300- identity=44.5; qcov=0.917; evalue=0; confidence=medium |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0010228 (vegetative to reproductive phase transition of meristem) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF28692 (LD_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000476 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057782379.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057782379.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782379.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782379.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057782379.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:6575789 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A5,B90,B91,B92,C53 |
Chr8:6575809 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 80 | A19,A2,A23,A25,A9,B1,B10,B100,B101,B103,B108,B109,B113,B120,B122,B126,B128,B131,B132,B140,B18,B20,B24,B28,B31,B33,B35,B37,B4,B40,B41,B44,B45,B48,B49,B5,B60,B7,B70,B71,B78,B88,B94,B99,C14,C16,C2,C20,C22,C23,C28,C32,C33,C35,C36,C39,C4,C40,C41,C44,C46,C50,C51,C54,C55,C57,C61,C63,C68,C71,C8,C82,C85,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D7 |
Chr8:6575812 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 79 | A19,A2,A23,A25,A9,B1,B10,B100,B101,B103,B108,B109,B113,B120,B126,B128,B131,B132,B140,B18,B20,B24,B28,B31,B33,B35,B37,B4,B40,B41,B44,B45,B48,B49,B5,B60,B7,B70,B71,B78,B88,B94,B99,C14,C16,C2,C20,C22,C23,C28,C32,C33,C35,C36,C39,C4,C40,C41,C44,C46,C50,C51,C54,C55,C57,C61,C63,C68,C71,C8,C82,C85,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D7 |
Chr8:6575860 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B10 |
Chr8:6575982 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C19 |
Chr8:6575985 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B78,D3 |
Chr8:6576036 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:6576722 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C65 |
Chr8:6576739 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B60,B70,B78 |
Chr8:6578821 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B111 |
Chr8:6579238 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 34 | A1,A10,A13,A8,B105,B110,B122,B13,B132,B135,B23,B24,B25,B31,B34,B35,B4,B53,B55,B69,B73,B8,B87,B98,C14,C31,C39,C41,C63,C66,C7,C85,D2,D4 |
Chr8:6579268 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | B13,B23,B24,B98,C85 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782379.1PF28692
LD_N 18-69 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782379.1 |
Pfam | PF28692 |
LD_N | Domain | 18 | 69 | 1.3e-27 | 96.0 | LUMINIDEPENDENS N-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。