当前解析结果
SmilChr08G000890| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000890 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000890 |
| 描述 | transcription termination factor MTERF6, chloroplastic/mitochondrial-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 6607017 - 6608478 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000478 |
|---|---|
| GeneID | 131000478 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000478 |
| 原始查询 | SmilChr08G000890 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription termination factor MTERF6, chloroplastic/mitochondrial-like |
| 产物 | transcription termination factor MTERF6%2C chloroplastic/mitochondrial-like |
| Arabidopsis | AT5G07900 (AT5G07900)Mitochondrial transcription termination factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830684] identity=35.6; qcov=0.889; evalue=3.24e-74; confidence=medium |
| Rice | Os07g0423000- identity=27.9; qcov=0.916; evalue=5.9e-41; confidence=low |
| GO | GO:0003690 (double-stranded DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009507 (chloroplast); GO:0009658 (chloroplast organization) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02536 (mTERF) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000478 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057782382.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782382.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782382.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782382.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057782382.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:6607319 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B138,B19,C65 |
Chr8:6607453 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B81 |
Chr8:6607492 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:6607531 |
CGA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 37 | A1,A14,A2,A20,A22,B109,B110,B115,B129,B134,B14,B17,B20,B28,B29,B34,B37,B58,B59,B74,B86,C18,C29,C32,C35,C36,C37,C40,C42,C43,C51,C53,C61,C68,C74,C79,C86 |
Chr8:6607575 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B1 |
Chr8:6607575 |
T |
TA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr8:6607595 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B26,C40 |
Chr8:6607619 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A14,A22,B59,C35,C42 |
Chr8:6607640 |
AGG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 9 | A1,B110,B14,B28,B34,C29,C32,C61,C75 |
Chr8:6607668 |
ACC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 10 | A1,B110,B14,B28,B34,C29,C32,C61,C68,C75 |
Chr8:6607764 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 7 | B136,B34,B42,B70,B82,C47,D9 |
Chr8:6607825 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A23,C84 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782382.1PF02536
mTERF 85-224 aa
PF02536
mTERF 253-363 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782382.1 |
Pfam | PF02536 |
mTERF | Family | 85 | 224 | 4.3e-38 | 131.7 | mTERF |
XP_057782382.1 |
Pfam | PF02536 |
mTERF | Family | 253 | 363 | 4.3e-38 | 131.7 | mTERF |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。