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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000895

染色体: Chr08 坐标: 6633184-6634895 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000895
名称SmilChr08G000895
描述chalcone--flavanone isomerase-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向6633184 - 6634895 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000484
GeneID131000484
locus_tag-
NCBI NameLOC131000484
原始查询SmilChr08G000895

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述chalcone--flavanone isomerase-like
产物chalcone--flavanone isomerase-like
ArabidopsisAT3G55120 (TT5)
Chalcone-flavanone isomerase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824678]
identity=65; qcov=0.951; evalue=1.76e-99; confidence=high
RiceOs03g0819600 (gh1)
-
identity=63; qcov=0.96; evalue=1.73e-97; confidence=high
GOGO:0009813 (flavonoid biosynthetic process); GO:0045430 (chalcone isomerase activity)
KEGGsmil00941 (Flavonoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02431 (Chalcone)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000484

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057782387.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057782387.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782387.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782387.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782387.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:6633797 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B14,B60,B87,C38
Chr8:6633851 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B63,C16
Chr8:6633984 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B87,C38
Chr8:6634080 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B45,B71,C71,C77,C9
Chr8:6634081 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr8:6634089 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B60,B87,C38
Chr8:6634093 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B61,C74
Chr8:6634204 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B26,C19
Chr8:6634327 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58
Chr8:6634329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B19,B61,B64,B69,C62
Chr8:6634333 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B11
Chr8:6634356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B26,C19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782387.1
225 aa
N
1
112
225
Chalcone
C
PF02431 Chalcone 12-214 aa
XP_057782388.1
225 aa
N
1
112
225
Chalcone
C
PF02431 Chalcone 12-214 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782387.1 Pfam PF02431 Chalcone Domain 12 214 2.7e-95 318.3 Chalcone-flavanone isomerase
XP_057782388.1 Pfam PF02431 Chalcone Domain 12 214 2.7e-95 318.3 Chalcone-flavanone isomerase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926404.1
CGGCTGAAATCTGAAGGGCTGGTAGGTAAAACTCGTGGTGGCTATCGCCTAGCGTGACGTTACTAACCTAACCTCAGCTCCCTACACCCCATTGTTATTAACCACCTTCATCTTCACCTTCACCTTCAACTCTGCAACATACTCCGACTGCGAGAAAATGTCTGCAACGCCAACCGTAACACAGCTCCAAGTGGAGTCCGTGGTATTCCCACCCACAGCGAAGCCACCGGGCTCCGACAAGACGTTATTCCTCGGCGGCG...
XM_057926405.1
AAAATTAGTGGTACCAGTGAATAATTATGATGTAGAATCAAATCTTTCTGATATTTGAACAAATGCTGATTTCCACCAAAGTATTTAATTGGTTGAATGAGTATTCATGAATGAACAGGGCTGGTAGGTAAAACTCGTGGTGGCTATCGCCTAGCGTGACGTTACTAACCTAACCTCAGCTCCCTACACCCCATTGTTATTAACCACCTTCATCTTCACCTTCACCTTCAACTCTGCAACATACTCCGACTGCGAGAAAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131000484
ATGTCTGCAACGCCAACCGTAACACAGCTCCAAGTGGAGTCCGTGGTATTCCCACCCACAGCGAAGCCACCGGGCTCCGACAAGACGTTATTCCTCGGCGGCGCAGGGGTGCGAGGGATGGAGATCCAAGGGAATTTCGTCAAATTCACCGCCATCGCCGTCTACATGGAGGGCACCGCCATCCCCGCGCTCGCGCCCAAGTGGGGCGCCAAAACCGTCGATGAACTGGCCGATTCCGCCGACTTCATTCGCGAAATCAT...
LOC131000484
ATGTCTGCAACGCCAACCGTAACACAGCTCCAAGTGGAGTCCGTGGTATTCCCACCCACAGCGAAGCCACCGGGCTCCGACAAGACGTTATTCCTCGGCGGCGCAGGGGTGCGAGGGATGGAGATCCAAGGGAATTTCGTCAAATTCACCGCCATCGCCGTCTACATGGAGGGCACCGCCATCCCCGCGCTCGCGCCCAAGTGGGGCGCCAAAACCGTCGATGAACTGGCCGATTCCGCCGACTTCATTCGCGAAATCAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057782387.1
MSATPTVTQLQVESVVFPPTAKPPGSDKTLFLGGAGVRGMEIQGNFVKFTAIAVYMEGTAIPALAPKWGAKTVDELADSADFIREIIAGPFEKLTKVTMILPLTGQQYSEKVAENCTAYWKAVGKYTDAEGKAVEEFLQVFKDESFSPGASILFTQSPAGSLTIAFSKDGSIPEQGKAVIENKLLAEAILESIIGKQGVSPTARQSLAARVSKLLKQTSLAAEAQ
XP_057782388.1
MSATPTVTQLQVESVVFPPTAKPPGSDKTLFLGGAGVRGMEIQGNFVKFTAIAVYMEGTAIPALAPKWGAKTVDELADSADFIREIIAGPFEKLTKVTMILPLTGQQYSEKVAENCTAYWKAVGKYTDAEGKAVEEFLQVFKDESFSPGASILFTQSPAGSLTIAFSKDGSIPEQGKAVIENKLLAEAILESIIGKQGVSPTARQSLAARVSKLLKQTSLAAEAQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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