当前解析结果
SmilChr08G000904| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000904 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000904 |
| 描述 | monothiol glutaredoxin-S1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 6690069 - 6690759 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000490 |
|---|---|
| GeneID | 131000490 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000490 |
| 原始查询 | SmilChr08G000904 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | monothiol glutaredoxin-S1-like |
| 产物 | monothiol glutaredoxin-S1-like |
| Arabidopsis | AT5G18600 (AT5G18600)Thioredoxin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831978] identity=59.2; qcov=0.617; evalue=2.88e-42; confidence=medium |
| Rice | Os01g0368900 (OsGRX4)- identity=56.3; qcov=0.617; evalue=2.14e-38; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00462 (Glutaredoxin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000490 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057782395.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057782395.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057782395.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782395.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782395.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:6690306 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A25,B54,C44 |
Chr8:6690365 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B2,B29,B61,C74 |
Chr8:6690526 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 59 | A1,A11,A16,A18,A24,A8,B101,B118,B12,B122,B124,B125,B13,B131,B137,B138,B139,B140,B16,B18,B19,B2,B21,B29,B31,B32,B42,B43,B44,B46,B52,B53,B56,B61,B64,B72,B93,B96,B98,C13,C15,C25,C26,C27,C29,C40,C43,C48,C49,C56,C64,C65,C66,C74,C8,C81,C82,C85,D4 |
Chr8:6690564 |
A |
ATC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B112,B26,C19 |
Chr8:6690564 |
A |
ATC |
2bp_insertion | CDS_variant | 3 | B112,B26,C19 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782395.1PF00462
Glutaredoxin 77-140 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782395.1 |
Pfam | PF00462 |
Glutaredoxin | Domain | 77 | 140 | 4.6e-11 | 43.5 | Glutaredoxin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。