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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000908

染色体: Chr08 坐标: 6714143-6715141 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000908
名称SmilChr08G000908
描述glutaredoxin-C13-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向6714143 - 6715141 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000495
GeneID131000495
locus_tag-
NCBI NameLOC131000495
原始查询SmilChr08G000908

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutaredoxin-C13-like
产物glutaredoxin-C13-like
ArabidopsisAT2G47880 (AT2G47880)
Glutaredoxin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819400]
identity=73.5; qcov=0.925; evalue=1.68e-52; confidence=high
RiceOs01g0368900 (OsGRX4)
-
identity=59.4; qcov=0.906; evalue=5.29e-36; confidence=medium
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG-
PfamPF00462 (Glutaredoxin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000495

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057782400.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057782400.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057782400.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782400.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782400.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:6714523 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr8:6714717 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782400.1
106 aa
N
1
53
106
Glutaredoxin
C
PF00462 Glutaredoxin 13-75 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782400.1 Pfam PF00462 Glutaredoxin Domain 13 75 7.7e-12 46.0 Glutaredoxin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926417.1
AAATCGTAAGTATATATTAAATTTGTTATAATTAAACAAGAAAAAAGAACAAAACTAATTATATCCTCAATCGAGCTGTAGCATAAACAAGATGACAAAGTTCGAATTAATTAATTATATGTATTAATATCGTTAGAATATATAGAAGACGAAACACATTAGAGAGAATCCAGAATCGAAGCGTCAAACTAGCTAGTGTTGTAAAGCCAACCAACTTTTGAATGTTCTAGTTTGGAATCTTAGCTGCTGCTGCTGCTGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000495
ATGGAGAAGATAGGGAAAGTGGCGTCGGAGAATGGGGTGGTGATCTTCAGCAAGAGCACGTGCTGCTTGTGCTACGCGGTGCAGATCCTGTTCCGGGATCTCGGGGTGCAGCCACTGGTGCACGAGATCGACCACGACCCGGAGGGGAAGGACATCGAGAAGGCGCTCATGAGGATGGGCTGCAGCGGGCCCGTGCCCGCCGTCTACATCGGCGGCAAGCTCGTCGGCTCCACCAACGAGGTCATGTCGCTCCACCTCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782400.1
MEKIGKVASENGVVIFSKSTCCLCYAVQILFRDLGVQPLVHEIDHDPEGKDIEKALMRMGCSGPVPAVYIGGKLVGSTNEVMSLHLSGSLVQLLRPYQQTNLSSHD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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