Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000911`

染色体: Chr08 坐标: 6728552-6730956 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000911`
名称	SmilChr08G000911
描述	zinc finger protein CONSTANS-LIKE 13
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	6728552 - 6730956 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000498`
GeneID	`131000498`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000498`
原始查询	`SmilChr08G000911`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc finger protein CONSTANS-LIKE 13
产物	zinc finger protein CONSTANS-LIKE 13
Arabidopsis	`AT2G47890` (AT2G47890) B-box type zinc finger protein with CCT domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819401] identity=47.7; qcov=1; evalue=8.19e-97; confidence=high
Rice	`Os03g0351100` (OsP) - identity=31.4; qcov=1.08; evalue=3.01e-48; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00643 (zf-B_box); PF06203 (CCT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000498

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057782409.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782409.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782409.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057782409.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057782409.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:6729089`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B62,C48
`Chr8:6729393`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B25
`Chr8:6729396`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B127,B93
`Chr8:6729403`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B35,C4,C41,C56,D1
`Chr8:6729442`	`A`	`AG`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B10,B12,B16,B55,B95
`Chr8:6729976`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B5
`Chr8:6730312`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B66,B8
`Chr8:6730339`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	B10,B12,B16,B49,B5,B55,B68,B95
`Chr8:6730442`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782409.1

361 aa

180

361

zf-B_box

CCT

PF00643 zf-B_box 18-60 aa PF00643 zf-B_box 61-104 aa PF06203 CCT 317-359 aa

XP_057782410.1

354 aa

177

354

zf-B_box

CCT

PF00643 zf-B_box 18-60 aa PF00643 zf-B_box 61-104 aa PF06203 CCT 310-352 aa

XP_057782411.1

343 aa

172

343

zf-B_box

CCT

PF00643 zf-B_box 18-60 aa PF00643 zf-B_box 61-104 aa PF06203 CCT 299-341 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782409.1`	Pfam	`PF00643`	zf-B_box	Domain	18	60	2e-11	44.6	B-box zinc finger
`XP_057782409.1`	Pfam	`PF00643`	zf-B_box	Domain	61	104	2e-11	44.6	B-box zinc finger
`XP_057782409.1`	Pfam	`PF06203`	CCT	Motif	317	359	1e-15	58.1	CCT motif
`XP_057782410.1`	Pfam	`PF00643`	zf-B_box	Domain	18	60	1.1e-10	42.2	B-box zinc finger
`XP_057782410.1`	Pfam	`PF00643`	zf-B_box	Domain	61	104	1.1e-10	42.2	B-box zinc finger
`XP_057782410.1`	Pfam	`PF06203`	CCT	Motif	310	352	1e-15	58.2	CCT motif
`XP_057782411.1`	Pfam	`PF00643`	zf-B_box	Domain	18	60	1.2e-11	45.3	B-box zinc finger
`XP_057782411.1`	Pfam	`PF00643`	zf-B_box	Domain	61	104	1.2e-11	45.3	B-box zinc finger
`XP_057782411.1`	Pfam	`PF06203`	CCT	Motif	299	341	9.7e-16	58.3	CCT motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926427.1
AAATATAGAAACCATCTACCAAACCCAACATTTTCAGTTAATATTAAACAAATTAACCAATCACAGTAACGAAAAAATAAATTAAAAAAATACAGTTTTCCTAGAATTCATCTGCTTCTTCCCTCTCACAATTTATACGTAGATATTATGACACGTGAATAGCGATAAGGTTTTGCTTTTCGTTTTACCATCTTCCTCACTCTCACACACGCTCAAAATCCCACTGCTTCAATCCTCAAAATTTTCTGCAGAGAGTTTGC...

XM_057926426.1
TAGAATTCATCTGCTTCTTCCCTCTCACAATTTATACGTAGATATTATGACACGTGAATAGCGATAAGGTTTTGCTTTTCGTTTTACCATCTTCCTCACTCTCACACACGCTCAAAATCCCACTGCTTCAATCCTCAAAATTTTCTGCAGAGAGTTTGCAGCACGTCAATCATTCCTAGAGATCTTCCACTTTCTCTCGTAAAATCCAACGATAAAGAAAAAGAGGCGAGATATTATAATTATTTAACGCCATGAGTGAA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131000498
ATGAGTGAAGCAGAGCTTGATATGCACAATTCTGTTTCTAGGGATCAAAGCGACCGTCTCTGCGATTTCTGCAACGAGTCGAAGGCGCTGCTCTACTGCCGCGCGGACTCGGCGAAGCTCTGCTTCAGCTGCGATCGCGAGGTGCACTCCACGAATCCGCTCTTCAAGAAGCACAACCGCTCGCTCCTGTGCAATTCGTGCAGTTCCTCGCCCTCGTCGATCTTCTGCTGCACCGAATCGGCGGTGCTCTGCCAGAACTG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057782409.1
MSEAELDMHNSVSRDQSDRLCDFCNESKALLYCRADSAKLCFSCDREVHSTNPLFKKHNRSLLCNSCSSSPSSIFCCTESAVLCQNCDWEIHNSFGSIHDRRPLEGFTGCPSVTELLGFLGLQDLGKKSLDLGGGNDEEFLDMLVWETPSVVSLDDLIVANDYDHSAPAFQATGVPPLPKNRNASCGKHKEEIFFQLHKMAKKDPNYSGSLEDFVENNQPQVTAKCVKASPCLQHKEEPVQLPSYEDSNVDWCFGGGVQD...

XP_057782410.1
MSEAELDMHNSVSRDQSDRLCDFCNESKALLYCRADSAKLCFSCDREVHSTNPLFKKHNRSLLCNSCSSSPSSIFCCTESAVLCQNCDWEIHNSFGSIHDRRPLEGFTGCPSVTELLGFLGLQDLGKKSLDLGGGNDEEFLDMLVWETPSVVSLDDLIVANDYDHSAPAFQATGVPPLPKNRNASCGKHKEEIFFQLHKMAKKDPNYSGSLEDFVENNQPQVTAKCVKASPCLQHKEEPDSNVDWCFGGGVQDEGFPSTY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器