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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000941

染色体: Chr08 坐标: 7003118-7007212 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000941
名称SmilChr08G000941
描述LEC14B protein
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向7003118 - 7007212 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000569
GeneID131000569
locus_tag-
NCBI NameLOC131000569
原始查询SmilChr08G000941

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LEC14B protein
产物LEC14B protein
ArabidopsisAT4G03020 (AT4G03020)
transducin family protein / WD-40 repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828111]
identity=71.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0407200 (OsWD40-119)
-
identity=63.5; qcov=0.958; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0043161 (proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0080008 (Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex)
KEGG-
PfamPF00400 (WD40)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000569

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782548.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057782548.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782548.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782548.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782548.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:7004322 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B118,C77,C82
Chr8:7004360 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25
Chr8:7004452 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B51,C18,C46,C62,D11
Chr8:7004837 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,C81
Chr8:7005339 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 1 C6
Chr8:7005339 C CG 1bp_insertion CDS_variant 1 C6
Chr8:7005342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25
Chr8:7005410 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr8:7005433 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,C67
Chr8:7005477 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,C4
Chr8:7005965 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 36 A11,A24,A4,B120,B125,B127,B133,B134,B18,B51,B56,B64,B67,B78,B87,B91,B94,B95,B97,C28,C35,C36,C39,C43,C46,C47,C57,C6,C65,C70,C73,C79,C86,C87,D5,D6
Chr8:7005967 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 35 A11,A24,A4,B120,B125,B127,B133,B134,B18,B51,B56,B64,B67,B78,B87,B91,B94,B95,B97,C28,C35,C36,C39,C43,C46,C47,C57,C65,C70,C73,C79,C86,C87,D5,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782548.1
477 aa
N
1
238
477
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 214-242 aa PF00400 WD40 250-285 aa PF00400 WD40 294-331 aa PF00400 WD40 371-413 aa PF00400 WD40 419-454 aa
XP_057782549.1
477 aa
N
1
238
477
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 214-242 aa PF00400 WD40 250-285 aa PF00400 WD40 294-331 aa PF00400 WD40 371-413 aa PF00400 WD40 419-454 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782548.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 214 242 9.5e-32 108.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057782548.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 250 285 9.5e-32 108.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057782548.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 294 331 9.5e-32 108.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057782548.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 371 413 9.5e-32 108.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057782548.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 419 454 9.5e-32 108.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057782549.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 214 242 9.5e-32 108.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057782549.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 250 285 9.5e-32 108.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057782549.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 294 331 9.5e-32 108.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057782549.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 371 413 9.5e-32 108.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057782549.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 419 454 9.5e-32 108.8 WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926565.1
TCTATTTCCCACTCTACTAATGAAGCACAAAGCACCACGCTTTCTATTACACACAAACATTAACCTCCCATGGAAATCTCATACGAATTTCGGTCAATCCCATGACGCTGGCCTCTTATCTCAACCCCAATCCAATTAAATAAGGAAACAATTAAGATTTTTGTTCAACTTTTTCCTTATTACAAGCAAGAAACCACCCCATTCCAAGCAACTGAATCCAATTTCTGTTGACATTGCCGCCGCTATTCCAAGAAAAGGTT...
XM_057926566.1
GCACCACGCTTTCTATTACACACAAACATTAACCTCCCATGGAAATCTCATACGAATTTCGGTCAATCCCATGACGCTGGCCTCTTATCTCAACCCCAATCCAATTAAATAAGGAAACAATTAAGATTTTTGTTCAACTTTTTCCTTATTACAAGCAAGAAACCACCCCATTCCAAGCAACTGAATCCAATTTCTGTTGACATTGCCGCCGCTATTCCAAGAAAAGGTTGTGTGAGCTCAGTGCTTGAAAATCTATTTAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131000569
ATGGGATATGCTTTTAGCAAATTGGAGATGGACTCTGGACTTCTTGATGGTTCGAGTTCCAATGACGAGTTCAGTGGTAGTCCTCGGCTCAATAGACAGTTGCATTCCTTAGACCATGATATTGCTCAGTTAACAAAGCTCCAATCAGGGCCACATGAAAGTTTTAGTCGAATTCTTCAAGGGAAGCGTAAATATCCCGTCTCAACAGTGAAGATGTTGGCGGGTCGAGAAACGAATCTTTCGAAAAGAGGGAGGTTCTC...
LOC131000569
ATGGGATATGCTTTTAGCAAATTGGAGATGGACTCTGGACTTCTTGATGGTTCGAGTTCCAATGACGAGTTCAGTGGTAGTCCTCGGCTCAATAGACAGTTGCATTCCTTAGACCATGATATTGCTCAGTTAACAAAGCTCCAATCAGGGCCACATGAAAGTTTTAGTCGAATTCTTCAAGGGAAGCGTAAATATCCCGTCTCAACAGTGAAGATGTTGGCGGGTCGAGAAACGAATCTTTCGAAAAGAGGGAGGTTCTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057782548.1
MGYAFSKLEMDSGLLDGSSSNDEFSGSPRLNRQLHSLDHDIAQLTKLQSGPHESFSRILQGKRKYPVSTVKMLAGRETNLSKRGRFSSGDCRHVLSKYLPVNGPWVVDQMSTRAYVSQFSADGSLFMAAFQGSQIRIYDVERGWKVQKNIVARSFRWTITDTSLSPDQKHLVYASMSPIVHIVNVGYAAKESLANVTEIHEGLDFSSPDDGGYSFGIFSLKFSTDGREIVAGSSDEDIYVYDLEAKKLSLRISAHASDVN...
XP_057782549.1
MGYAFSKLEMDSGLLDGSSSNDEFSGSPRLNRQLHSLDHDIAQLTKLQSGPHESFSRILQGKRKYPVSTVKMLAGRETNLSKRGRFSSGDCRHVLSKYLPVNGPWVVDQMSTRAYVSQFSADGSLFMAAFQGSQIRIYDVERGWKVQKNIVARSFRWTITDTSLSPDQKHLVYASMSPIVHIVNVGYAAKESLANVTEIHEGLDFSSPDDGGYSFGIFSLKFSTDGREIVAGSSDEDIYVYDLEAKKLSLRISAHASDVN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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