Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000952`

染色体: Chr08 坐标: 7102817-7104629 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000952`
名称	SmilChr08G000952
描述	protein RESISTANCE TO PHYTOPHTHORA 1, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	7102817 - 7104629 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000607`
GeneID	`131000607`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000607`
原始查询	`SmilChr08G000952`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein RESISTANCE TO PHYTOPHTHORA 1, chloroplastic
产物	protein RESISTANCE TO PHYTOPHTHORA 1%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT2G48070` (RPH1) resistance to phytophthora 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819419] identity=82.5; qcov=0.638; evalue=2.17e-85; confidence=high
Rice	`Os05g0404400` - identity=79.5; qcov=0.674; evalue=8.87e-88; confidence=high
GO	GO:0006952 (defense response); GO:0009507 (chloroplast)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000607

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057782603.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	1.00000	`XP_057782603.1`
3	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.80000	`XP_057782603.1`
4	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.40000	`XP_057782603.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057782603.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:7102956`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B72,C29
`Chr8:7104259`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,C15
`Chr8:7104387`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B140,C18,C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926620.1
TCTGAATATAAATTGTAAATTTTGGCGAGCAAACGACGTCGTAGTAGTGAAGAATGTTGGTTTGCAAGTCCCAAGTCTCAGCTCACAGAGGTTATCGACAACGTTAAACAAACATGACCGCTCTAACCTCATCCTCTCTCTTCGACTCCCAAATTTTAAGATTTTCATCTTCATCCTTTTCACACCCCAGAAATTCTTCCATCAAGATTCGGTTTCCCATCAAAATTACCAGAATCCGAGCGAGTTCAAACGAGCTACAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000607
ATGACCGCTCTAACCTCATCCTCTCTCTTCGACTCCCAAATTTTAAGATTTTCATCTTCATCCTTTTCACACCCCAGAAATTCTTCCATCAAGATTCGGTTTCCCATCAAAATTACCAGAATCCGAGCGAGTTCAAACGAGCTACACATCAAAACGGACCAAGAATCTGAAGAAGATGTTCAACAACCTGATAATGATGAAGGAACTCAAAAGGGAAGCAAGAATTCAAGTGGGACAACATCAGCATTAGACAAAGATCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782603.1
MTALTSSSLFDSQILRFSSSSFSHPRNSSIKIRFPIKITRIRASSNELHIKTDQESEEDVQQPDNDEGTQKGSKNSSGTTSALDKDLKKVVQKTAATFAPRASTASKNPAVPGSVLYTVFEVQGYVSLLLGGALSFNLIFPSNEPDLWRLMGMWSIWMFTIPSLRARDCSKNEKEALNYLFLLVPLLNVTIPFFLKSFAVVWSADVVAFFGMYAWKLGWFSQRE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器