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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000954`

染色体: Chr08 坐标: 7106469-7109008 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000954`
名称	SmilChr08G000954
描述	exosome complex component RRP4 homolog
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	7106469 - 7109008 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000624`
GeneID	`131000624`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000624`
原始查询	`SmilChr08G000954`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	exosome complex component RRP4 homolog
产物	exosome complex component RRP4 homolog
Arabidopsis	`AT1G03360` (RRP4) ribosomal RNA processing 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839521] identity=67.9; qcov=1; evalue=2.68e-163; confidence=high
Rice	`Os04g0520000` - identity=66.9; qcov=0.988; evalue=2.87e-153; confidence=high
GO	GO:0000176 (nuclear exosome (RNase complex)); GO:0000177 (cytoplasmic exosome (RNase complex)); GO:0000467 (exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)); GO:0003723 (RNA binding); GO:0034427 (GO:0034427); GO:0034475 (U4 snRNA 3'-end processing); GO:0043928 (GO:0043928); GO:0071034 (CUT catabolic process); GO:0071035 (nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process); GO:0071038 (TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway); GO:0071051 (poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing)
KEGG	smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF15985 (KH_6); PF21266 (S1_RRP4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000624

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057782624.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057782624.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782624.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782624.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057782624.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:7106668`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,B13,B68,C19
`Chr8:7106731`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C57
`Chr8:7106904`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,B46
`Chr8:7107060`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	150	A1,A10,A11,A13,A14,A16,A19,A21,A23,A25,A3,A4,A7,A8,B100,B103,B104,B105,B109,B11,B110,B111,B112,B115,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B129,B13,B131,B132,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B17,B19,B2,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B3,B31,B32,B35,B37,B38,B39,B4,B40,B42,B43,B46,B48,B5,B52,B55,B59,B6,B62,B63,B64,B65,B67,B68,B71,B74,B79,B81,B82,B85,B86,B87,B89,B91,B93,B94,B97,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C24,C25,C27,C3,C32,C33,C36,C39,C41,C42,C43,C44,C45,C48,C5,C50,C53,C56,C57,C59,C6,C61,C62,C65,C68,C69,C70,C72,C74,C77,C8,C80,C81,C82,C83,C9,D10,D11,D2,D3,D4,D6,D7,D8,D9
`Chr8:7107062`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	150	A1,A10,A11,A13,A14,A16,A19,A21,A23,A25,A3,A4,A7,A8,B100,B103,B104,B105,B109,B11,B110,B111,B112,B115,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B129,B13,B131,B132,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B17,B19,B2,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B3,B31,B32,B37,B38,B39,B4,B40,B42,B43,B46,B48,B5,B52,B55,B59,B6,B62,B63,B64,B65,B67,B68,B71,B74,B79,B81,B82,B85,B86,B87,B89,B91,B93,B94,B97,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C24,C25,C27,C3,C32,C33,C36,C39,C41,C42,C43,C44,C45,C48,C5,C50,C53,C56,C57,C59,C6,C61,C62,C65,C68,C69,C70,C72,C74,C77,C8,C80,C81,C82,C83,C9,D10,D11,D2,D3,D4,D6,D7,D8,D9
`Chr8:7108081`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C6
`Chr8:7108081`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C6
`Chr8:7108576`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B136,B23
`Chr8:7108758`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C57
`Chr8:7108797`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B136,B23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782624.1

327 aa

164

327

S1_RRP4

KH_6

PF21266 S1_RRP4 86-157 aa PF15985 KH_6 180-221 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782624.1`	Pfam	`PF21266`	S1_RRP4	Domain	86	157	5.6e-35	120.1	RRP4, S1 domain
`XP_057782624.1`	Pfam	`PF15985`	KH_6	Domain	180	221	2.3e-12	47.7	KH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926641.1
ATTGAAACGAAACCGGGCCCGGTAACATTAGTGAAATTCGCCGGAGCAGCTTCAACTAAAAAACAATTGCCCTAATTTCTATATCTCCAATTAGGGATTAGGGTTTTACAAGGGTTTTCCATCGGATCAACTCTCTCTCACGGAAAATGAGAGGCCTGCAGTTGTCGCTCGACAAAGGCCAAAAACTGAGATTCGAGAGAGCGTTCGAGCTGCTGGATTCTCTCTCCTCCAAAGCCAATTCCGACGCCTCCGTCATCGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000624
ATGAGAGGCCTGCAGTTGTCGCTCGACAAAGGCCAAAAACTGAGATTCGAGAGAGCGTTCGAGCTGCTGGATTCTCTCTCCTCCAAAGCCAATTCCGACGCCTCCGTCATCGTCGCCGACGACATCTCCGTCAACAATGAAGATGCCATTCTCAAGGGCCACGGCACGGCGGAGATGGATGACCGTTTGGTGGCGACGCTATGTGGAGTTGTGGAGCGCGTCAACAAGCTTGTCTATGTCCGGCCTTTGAGGGCCAGGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782624.1
MRGLQLSLDKGQKLRFERAFELLDSLSSKANSDASVIVADDISVNNEDAILKGHGTAEMDDRLVATLCGVVERVNKLVYVRPLRARYKPEIGDIIIGRVIEVKPKRWRLEINFSQDAVLMLSSMNLPDGIQRRRTAVDELNMRSIFEENDVICAEVRGFQHDGCLHLQARSQKYGKLKRGQLLTIPPYLVKKRKQHFHHLEQYGIDLILGCNGFVWVGEHVEVRDDMMEDLSDKSEQQKAKSWNTVGDEEVEETHTPPDT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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