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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000966

染色体: Chr08 坐标: 7188159-7189853 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000966
名称SmilChr08G000966
描述uncharacterized SmilChr08G000966
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向7188159 - 7189853 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998003
GeneID130998003
locus_tag-
NCBI NameLOC130998003
原始查询SmilChr08G000966

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os09g0545250; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os09g0545250; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT3G24255 (AT3G24255)
RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013]
identity=27.2; qcov=0.381; evalue=1.19e-12; confidence=low
RiceOs09g0545250
-
identity=42.7; qcov=0.285; evalue=7.35e-23; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998003

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057779425.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057779425.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057779425.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057779425.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779425.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:7188163 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B86,C18
Chr8:7188167 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr8:7188194 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 17 A3,A6,B128,B140,B30,B31,B45,B77,B90,B92,C32,C52,C58,C68,C71,C82,C87
Chr8:7188216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B30,B50,B63,C60,C77
Chr8:7188247 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr8:7188257 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr8:7188273 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 1 D4
Chr8:7188273 AAT A 2bp_deletion CDS_variant 1 D4
Chr8:7188541 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 20 A6,B119,B130,B16,B27,B49,B51,B52,B6,B69,B95,C19,C28,C41,C62,C67,C73,C76,C81,D6
Chr8:7188555 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B66,B8,C19
Chr8:7188612 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B68
Chr8:7188616 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923442.1
ATGGTGCCGATTATCTCGAGAGAGCTAAGCATAACACATCTCTTCTTCGCCGACGATAGCCTTATCTTCTTCAAGGTAGAACGTGCTGAGGCTGTGGCAATCAAGAGTATTCTAAGGCAATATGAACAAGCTTCTGGGCAGCGAATAAACCTTGACAAATCGTCTGCTTCGTTCAGCCCTAATACTAGCAGGCGTGCTCAGGAGGAGGTTATTAATACCCTGGCAGTTCGCATGGGTGATGGAATTCAGAAATACCTCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998003
ATGGTGCCGATTATCTCGAGAGAGCTAAGCATAACACATCTCTTCTTCGCCGACGATAGCCTTATCTTCTTCAAGGTAGAACGTGCTGAGGCTGTGGCAATCAAGAGTATTCTAAGGCAATATGAACAAGCTTCTGGGCAGCGAATAAACCTTGACAAATCGTCTGCTTCGTTCAGCCCTAATACTAGCAGGCGTGCTCAGGAGGAGGTTATTAATACCCTGGCAGTTCGCATGGGTGATGGAATTCAGAAATACCTCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779425.1
MVPIISRELSITHLFFADDSLIFFKVERAEAVAIKSILRQYEQASGQRINLDKSSASFSPNTSRRAQEEVINTLAVRMGDGIQKYLGLPAFSLRQKRLQFGYIVERVQKKLLTWNQREFSGGGNEVLIKAVIQAMPTYVMQFFDCWTRYVRILTACVLGFGGGIRKRNADSIGVGFSRALYFREGDVMQAQVRSSASYVWRSLLWSRHLVERGKYWKVGDGKNIRIFQDSWLKSENPGRLITPEPSSLSPLVWVAELINA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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