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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000983

染色体: Chr08 坐标: 7371848-7375937 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000983
名称SmilChr08G000983
描述ATPase GET3B-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向7371848 - 7375937 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000580
GeneID131000580
locus_tag-
NCBI NameLOC131000580
原始查询SmilChr08G000983

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ATPase GET3B-like
产物ATPase GET3B-like
ArabidopsisAT3G10350 (AT3G10350)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820197]
identity=66.3; qcov=0.969; evalue=1.03e-176; confidence=high
RiceOs02g0745000
-
identity=68.1; qcov=0.676; evalue=1.66e-123; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0006620 (post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0043529 (GET complex)
KEGGsmil03060 (Protein export - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01656 (CbiA); PF02374 (ArsA_ATPase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000580

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057782566.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057782566.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782566.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782566.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782566.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782566.1
389 aa
N
1
194
389
ArsA_ATPase
CbiA
C
PF02374 ArsA_ATPase 67-385 aa PF01656 CbiA 71-361 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782566.1 Pfam PF02374 ArsA_ATPase Domain 67 385 2e-72 244.7 Anion-transporting ATPase
XP_057782566.1 Pfam PF01656 CbiA Domain 71 361 2.3e-08 34.8 CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926583.1
AACGAAGCCCTGTCGTCGGCGCCACCTTTCTTTGGACTTGAGTTGAGCAGTTGATAGTTCACCTCTGCCGCCGCTGAAGGAACCACTTTTCGTCGAGAAATGGCCTCTCTTTTCAATCACATCTCTAAATCCCTGCGTCACAAACATCCATATTCTAAACTCAGCAGAAGCATACAAGACTTGGTATCCGCTAACATCAATTCAAATCCACTCGCCCCATCATTCCAAGCAAGATCTGTGGTCACTGCTGTGACAAAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000580
ATGGCCTCTCTTTTCAATCACATCTCTAAATCCCTGCGTCACAAACATCCATATTCTAAACTCAGCAGAAGCATACAAGACTTGGTATCCGCTAACATCAATTCAAATCCACTCGCCCCATCATTCCAAGCAAGATCTGTGGTCACTGCTGTGACAAAAATTGCTGGATTTGATGAAATGGTTTCTAGCACACAGAGGAGATTTTATTTGCTAGGTGGGAAAGGAGGTGTTGGGAAAACAAGTTGTGCAGCATCTCTTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782566.1
MASLFNHISKSLRHKHPYSKLSRSIQDLVSANINSNPLAPSFQARSVVTAVTKIAGFDEMVSSTQRRFYLLGGKGGVGKTSCAASLAVKLANHGHPTMVVSTDPAHSLSDSFDQNLAGGMLVPVQGVDSPLYALELNPEKEREELSSRGQHDEGAVRNVMDSMGFGGLVGKMGDLKLEELLDTPPPGLDEVIAISKVMHFLESPEYSKFSRIVFDTAPTGHTLRLLSLPDFLDASIGKMMKIKKKIASATAALKSAFGKG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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