Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000989`

染色体: Chr08 坐标: 7428554-7432401 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000989`
名称	SmilChr08G000989
描述	uncharacterized SmilChr08G000989
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	7428554 - 7432401 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998007`
GeneID	`130998007`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998007`
原始查询	`SmilChr08G000989`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	K-box region protein (DUF1985) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840000]; symbol=AT1G31150; hit=AT1G31150; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	K-box region protein (DUF1985) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840000]; symbol=AT1G31150; hit=AT1G31150; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT1G31150` (AT1G31150) K-box region protein (DUF1985) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840000] identity=25.3; qcov=0.264; evalue=6.74e-13; confidence=weak
Rice	`-` -
GO	GO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity)
KEGG	-
Pfam	PF02902 (Peptidase_C48); PF09331 (DUF1985)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998007

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779427.1`
2	Chromosome	染色体	0.60000	`XP_057779427.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057779427.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779427.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779427.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:7428566`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,B1,C57
`Chr8:7428572`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B37,B71,B72
`Chr8:7428583`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B16
`Chr8:7428645`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B67,C78
`Chr8:7428650`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,B22
`Chr8:7429231`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,B43,D8
`Chr8:7429262`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A9
`Chr8:7429481`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,B100
`Chr8:7429502`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B16,B33,B77
`Chr8:7429514`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B102,B73
`Chr8:7429549`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B71,C38,C62
`Chr8:7429549`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B71,C38,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779427.1

974 aa

487

974

DUF1985

Peptidase_C48

PF09331 DUF1985 114-239 aa PF02902 Peptidase_C48 823-966 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779427.1`	Pfam	`PF09331`	DUF1985	Family	114	239	4.2e-14	53.4	Domain of unknown function (DUF1985)
`XP_057779427.1`	Pfam	`PF02902`	Peptidase_C48	Domain	823	966	3.2e-14	54.0	Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923444.1
ATGAGTTCAACGGAATCAGATTACGATGGGGAAGAGGCACAACGAGAAAGTCGCCGGAGTACATCAAGGAGGAGCGAACAATACCCGATGCCGAATCCGCCTCCGAGGCATGCTTGGTTACGTCCGTGCATGCAAGGTTATGCCGCACATATCAATCACTACATCAAGGACAAGACACTGAAGGAAGTGGAGACATGTCTGACGCATTACGGGTGTCTTGAACAATTTAAGAAAGGTCTGTTTGGGCATTTACTTCAGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998007
ATGAGTTCAACGGAATCAGATTACGATGGGGAAGAGGCACAACGAGAAAGTCGCCGGAGTACATCAAGGAGGAGCGAACAATACCCGATGCCGAATCCGCCTCCGAGGCATGCTTGGTTACGTCCGTGCATGCAAGGTTATGCCGCACATATCAATCACTACATCAAGGACAAGACACTGAAGGAAGTGGAGACATGTCTGACGCATTACGGGTGTCTTGAACAATTTAAGAAAGGTCTGTTTGGGCATTTACTTCAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779427.1
MSSTESDYDGEEAQRESRRSTSRRSEQYPMPNPPPRHAWLRPCMQGYAAHINHYIKDKTLKEVETCLTHYGCLEQFKKGLFGHLLQLKRQDSANAALHHLLARELYDQAFGPWEKWFHIGGHDIRFGAMEYCLVTGLCFGPSPQHFDPNVDHRVGKQSLWHRVFKGKKLEVKDLRKRFVNRSMGNIAEDYLRVGNILVAYDLVFCRDYKHVHEWVWALVEDYQKLIDFPWGSYSFQILCHGMSVLKKHPSEITGIRRTYH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器