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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001017

染色体: Chr08 坐标: 7691740-7697720 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001017
名称SmilChr08G001017
描述homeobox-leucine zipper protein REVOLUTA-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向7691740 - 7697720 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000531
GeneID131000531
locus_tag-
NCBI NameLOC131000531
原始查询SmilChr08G001017

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述homeobox-leucine zipper protein REVOLUTA-like
产物homeobox-leucine zipper protein REVOLUTA-like
ArabidopsisAT5G60690 (REV)
Homeobox-leucine zipper family protein / lipid-binding START domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836190]
identity=79.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0480200 (Oshox9)
-
identity=71.2; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0008289 (lipid binding)
KEGG-
PfamPF00046 (Homeodomain); PF01852 (START); PF08670 (MEKHLA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000531

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782479.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057782479.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057782479.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782479.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782479.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:7691975 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr8:7691994 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B73,C44,C48
Chr8:7692202 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B21,B64,C27,C50
Chr8:7692501 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B21,B59,B64,C27
Chr8:7692634 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B121,B79,B81,B87
Chr8:7692768 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:7692820 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:7693055 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr8:7693061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B18,B44
Chr8:7693487 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C28
Chr8:7693553 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:7694535 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782479.1
837 aa
N
1
418
837
Homeodomain
START
MEKHLA
C
PF00046 Homeodomain 24-82 aa PF01852 START 161-368 aa PF08670 MEKHLA 690-836 aa
XP_057782480.1
837 aa
N
1
418
837
Homeodomain
START
MEKHLA
C
PF00046 Homeodomain 24-82 aa PF01852 START 161-368 aa PF08670 MEKHLA 690-836 aa
XP_057782481.1
837 aa
N
1
418
837
Homeodomain
START
MEKHLA
C
PF00046 Homeodomain 24-82 aa PF01852 START 161-368 aa PF08670 MEKHLA 690-836 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782479.1 Pfam PF00046 Homeodomain Domain 24 82 1.2e-15 57.8 Homeodomain
XP_057782479.1 Pfam PF01852 START Domain 161 368 5.6e-46 157.3 START domain
XP_057782479.1 Pfam PF08670 MEKHLA Domain 690 836 1.9e-44 151.7 MEKHLA domain
XP_057782480.1 Pfam PF00046 Homeodomain Domain 24 82 1.2e-15 57.8 Homeodomain
XP_057782480.1 Pfam PF01852 START Domain 161 368 5.6e-46 157.3 START domain
XP_057782480.1 Pfam PF08670 MEKHLA Domain 690 836 1.9e-44 151.7 MEKHLA domain
XP_057782481.1 Pfam PF00046 Homeodomain Domain 24 82 1.2e-15 57.8 Homeodomain
XP_057782481.1 Pfam PF01852 START Domain 161 368 5.6e-46 157.3 START domain
XP_057782481.1 Pfam PF08670 MEKHLA Domain 690 836 1.9e-44 151.7 MEKHLA domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926496.1
ATTTGGTGGCCTACGCCTACGCTTAGAAACAGAAATACTAATTAAAAAATAAAAAAGTGAATTAATAGAGGGAAAAGAATTGGAGAGGTGCAGGTGCAGGCAGCAGGCAGACGCAGGGGGGGGGGGGGGGGCACTGCAGCAGTGTGCAAACTCTGCAGTAGCCACCATCATCACCATATAAATTTAAACACACTTCTGCCCCATTTCCGATTTCCGAGCTATAACCATTCCTTTCCATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTT...
XM_057926497.1
TGCAGGCAGCAGGCAGACGCAGGGGGGGGGGGGGGGGCACTGCAGCAGTGTGCAAACTCTGCAGTAGCCACCATCATCACCATATAAATTTAAACACACTTCTGCCCCATTTCCGATTTCCGAGCTATAACCATTCCTTTCCATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTCATAGCCACACGCACCACACCCTCGTAGCTGTGCAAACATACTACTACTACTACCTGATCGCACTGTTTCTCTTCCTTTTCCTCTCTTCCAA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131000531
ATGGCTATGGTGGCGCATCATCACCAGGAGGATAGCAGTGGGAGCATTAGCAAGCATCTTGATGCCGGAAAGTATGTCCGTTACACGGCGGAGCAGGTGGAGGCGTTGGAGAGGGTGTATGCCGAGTGTCCCAAGCCCAGCTCTCTACGCCGCCAGCAGCTCATTCGGGAATGCCCTATTCTTTCAAACATTGAACCCAAGCAAATCAAAGTCTGGTTTCAAAATCGGAGGTGTCGAGAGAAGCAGCGGAAGGAATCTAC...
LOC131000531
ATGGCTATGGTGGCGCATCATCACCAGGAGGATAGCAGTGGGAGCATTAGCAAGCATCTTGATGCCGGAAAGTATGTCCGTTACACGGCGGAGCAGGTGGAGGCGTTGGAGAGGGTGTATGCCGAGTGTCCCAAGCCCAGCTCTCTACGCCGCCAGCAGCTCATTCGGGAATGCCCTATTCTTTCAAACATTGAACCCAAGCAAATCAAAGTCTGGTTTCAAAATCGGAGGTGTCGAGAGAAGCAGCGGAAGGAATCTAC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057782479.1
MAMVAHHHQEDSSGSISKHLDAGKYVRYTAEQVEALERVYAECPKPSSLRRQQLIRECPILSNIEPKQIKVWFQNRRCREKQRKESTRLQSVNRKLTAMNKLLMEENDRLQKQVSQLVCENGYMRQHLTPAPTTDASCESAVTTPQHSLRDASNPAGLLSIAEETLTEFLSKATGTAVDWVQMPGMKPGPGSVGIFAISQSCSGVAARACGLVSLEPIKIAEILKDRPTWFRDCRSLEVFTMFPAGNGGTIELLYTQTYA...
XP_057782480.1
MAMVAHHHQEDSSGSISKHLDAGKYVRYTAEQVEALERVYAECPKPSSLRRQQLIRECPILSNIEPKQIKVWFQNRRCREKQRKESTRLQSVNRKLTAMNKLLMEENDRLQKQVSQLVCENGYMRQHLTPAPTTDASCESAVTTPQHSLRDASNPAGLLSIAEETLTEFLSKATGTAVDWVQMPGMKPGPGSVGIFAISQSCSGVAARACGLVSLEPIKIAEILKDRPTWFRDCRSLEVFTMFPAGNGGTIELLYTQTYA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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