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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001038

染色体: Chr08 坐标: 7910204-7917084 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001038
名称SmilChr08G001038
描述receptor-like serine/threonine-protein kinase NCRK
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向7910204 - 7917084 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000551
GeneID131000551
locus_tag-
NCBI NameLOC131000551
原始查询SmilChr08G001038

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like serine/threonine-protein kinase NCRK
产物receptor-like serine/threonine-protein kinase NCRK
ArabidopsisAT2G28250 (NCRK)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817371]
identity=51.7; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0110600 (P0501G04.13-3)
-
identity=48.7; qcov=0.966; evalue=9.2e-175; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000551

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057782510.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782510.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782510.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782510.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782510.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:7914155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr8:7914611 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B101,B125,C11,C69
Chr8:7914746 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr8:7914953 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,A3,C58
Chr8:7915106 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr8:7915176 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr8:7915426 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,C78,D3
Chr8:7916129 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C19,C75,C77
Chr8:7916233 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,C11,C20,C21
Chr8:7916414 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B123,B31
Chr8:7916497 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C35,C44,C48,D8
Chr8:7916587 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,C53,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782510.1
623 aa
N
1
312
623
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 230-506 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 233-508 aa
XP_057782511.1
623 aa
N
1
312
623
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 230-506 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 233-508 aa
XP_057782512.1
623 aa
N
1
312
623
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 230-506 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 233-508 aa
XP_057782513.1
623 aa
N
1
312
623
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 230-506 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 233-508 aa
XP_057782514.1
623 aa
N
1
312
623
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 230-506 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 233-508 aa
XP_057782515.1
623 aa
N
1
312
623
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 230-506 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 233-508 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782510.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 230 506 3.6e-43 148.6 Protein kinase domain
XP_057782510.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 233 508 9.8e-42 143.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057782511.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 230 506 3.6e-43 148.6 Protein kinase domain
XP_057782511.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 233 508 9.8e-42 143.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057782512.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 230 506 3.6e-43 148.6 Protein kinase domain
XP_057782512.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 233 508 9.8e-42 143.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057782513.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 230 506 3.6e-43 148.6 Protein kinase domain
XP_057782513.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 233 508 9.8e-42 143.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057782514.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 230 506 3.6e-43 148.6 Protein kinase domain
XP_057782514.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 233 508 9.8e-42 143.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057782515.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 230 506 3.6e-43 148.6 Protein kinase domain
XP_057782515.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 233 508 9.8e-42 143.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926532.1
ATTCAAAATCCAAAATCAAGGAGCGGTGCAATGCGCTTCCAGCATTTGAAAAATTCAGGAAGTCTTCAGCCTCGAGAAATCTGAAACGCCACGTGGTTTTAAGCTGGGCTGGGCTTCCTGCATAGACATCTGTGCTCACTCATGCTGTAACCCCTTCACCGTTACAACCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTACCGAGATAGGACACACAGTGAGATACATGTAAGATATTAGTGCAGCCGACTTACATACACATCG...
XM_057926528.1
CTCGAGAAATCTGAAACGCCACGTGGTTTTAAGCTGGGCTGGGCTTCCTGCATAGACATCTGTGCTCACTCATGCTGTAACCCCTTCACCGTTACAACCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTACCGAGATAGGACACACAGTGAGATACATGTAAGATATTAGTGCAGCCGACTTACATACACATCGTGTCTAGCTAGCTGTGTTTAATTTGCTACCAATTCTCCGCATTTCATGAGATTGGAGCGGCAGAGTTTTC...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131000551
ATGGGGCGTCGGGTAGAAATCACACTTCTTTGTTTCATTACCGTGGTCTGGTTTCAGCAGACTCTTTCTGATGGGCCAGCAACAAGTTCTGACACGGACAAGTGGACATGCACTTGTTCTATTGCGCGTGAACAAACCTTGACTTTTGCCCTGGCAAACTGCTCTTCTTCCTGTGATTGTAACCCTGCTGCAGGAGGATCAGATGAAAATAGATGGACTTGCATTTGCAATGCTGGTGGGCTACCTAGGTTAGTAGGTGA...
LOC131000551
ATGGGGCGTCGGGTAGAAATCACACTTCTTTGTTTCATTACCGTGGTCTGGTTTCAGCAGACTCTTTCTGATGGGCCAGCAACAAGTTCTGACACGGACAAGTGGACATGCACTTGTTCTATTGCGCGTGAACAAACCTTGACTTTTGCCCTGGCAAACTGCTCTTCTTCCTGTGATTGTAACCCTGCTGCAGGAGGATCAGATGAAAATAGATGGACTTGCATTTGCAATGCTGGTGGGCTACCTAGGTTAGTAGGTGA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057782510.1
MGRRVEITLLCFITVVWFQQTLSDGPATSSDTDKWTCTCSIAREQTLTFALANCSSSCDCNPAAGGSDENRWTCICNAGGLPRLVGEENGSSCFTACNCNAGTLSELEPSKKRIPVKVVFIVLLLCLVLTAIGLAAIMLWHVYRKDKHPVQWASSSSDRLTSCSSAVNLMSHGSSPMPVYKGYLDSSAKPFMGCIPQNPFLLRRGTKALHGTIIQFSYSELENATDKFSDTNLVGVGGCSHVYRGNLRDGRTVAVKKMKR...
XP_057782511.1
MGRRVEITLLCFITVVWFQQTLSDGPATSSDTDKWTCTCSIAREQTLTFALANCSSSCDCNPAAGGSDENRWTCICNAGGLPRLVGEENGSSCFTACNCNAGTLSELEPSKKRIPVKVVFIVLLLCLVLTAIGLAAIMLWHVYRKDKHPVQWASSSSDRLTSCSSAVNLMSHGSSPMPVYKGYLDSSAKPFMGCIPQNPFLLRRGTKALHGTIIQFSYSELENATDKFSDTNLVGVGGCSHVYRGNLRDGRTVAVKKMKR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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