Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001040`

染色体: Chr08 坐标: 7924482-7928013 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001040`
名称	SmilChr08G001040
描述	protein CNGC15b-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	7924482 - 7928013 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000543`
GeneID	`131000543`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000543`
原始查询	`SmilChr08G001040`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein CNGC15b-like
产物	protein CNGC15b-like
Arabidopsis	`AT2G28260` (CNGC15) cyclic nucleotide-gated channel 15 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817372] identity=74.1; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0627700` (OsCNGC3) - identity=56.2; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005216 (monoatomic ion channel activity); GO:0006811 (monoatomic ion transport); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00027 (cNMP_binding); PF00520 (Ion_trans)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000543

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057782500.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057782500.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782500.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782500.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057782500.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:7925445`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr8:7925621`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B14
`Chr8:7925621`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B14
`Chr8:7925989`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B123,B29,C83,D3
`Chr8:7926016`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr8:7926045`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B91,C53
`Chr8:7926165`	`GGA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B36
`Chr8:7926165`	`GGA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B36
`Chr8:7926183`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr8:7926497`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C82
`Chr8:7926512`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C82
`Chr8:7926547`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782500.1

697 aa

348

697

Ion_trans

cNMP_binding

PF00520 Ion_trans 82-402 aa PF00027 cNMP_binding 498-586 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782500.1`	Pfam	`PF00520`	Ion_trans	Family	82	402	2.4e-18	66.9	Ion transport protein
`XP_057782500.1`	Pfam	`PF00027`	cNMP_binding	Domain	498	586	3.9e-07	30.6	Cyclic nucleotide-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926517.1
GCCCTCCACCCCATTCTCAACCTTCTCTAGTCTGGACTCTGGACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACACACATACATCGTATAATACATTGCCATAAATTTGATTCATTGATTTATTTCAATTTTCCATATTCATGCTGATGCTGTCATCTCCTTCACAAGAAATAATAACTGATGAACTTCTGGGGTGGCAAGAACAACGAGATATGGAGACTATTTCAAAGGCGACAGAGAGATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000543
ATGGCTTATACTAATTCAAGATCTGTGAGATTTCATGATGATGTTGAATTTGGGAATTTCAATAGTGACCACTTGTTTAAGGTACACTACAAGATTGATGGAACGCGGGTGGCAGAGTCGAGCTCCAAGAAGGCTGATAAGGGTGGAAGATCACTGAAATCCAAGGTGCTATCGCGTGTCTTCTCAGAGGATTACGAGAGAGTTAAGAAGAGGATCTTGGATCCTCGAGGGCCTGCAATCCGTAGATGGAACAAGATTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782500.1
MAYTNSRSVRFHDDVEFGNFNSDHLFKVHYKIDGTRVAESSSKKADKGGRSLKSKVLSRVFSEDYERVKKRILDPRGPAIRRWNKILLVACLVSLFVDPLFFYLPVVRQNLCIDIGFTLEVVLTIIRSIADAFYAIQIYIRFRTAYVAPSSRVFGRGELVIDSKKIASRYLRSYFWLDAICALPLPQMLIWGIIPSLRGSTMTNTKNVLRFIIIFQYIPRLFLMFPLSSQIVKATGVVTETAWAGAAYNLMLYMLASHVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器