Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001047`

染色体: Chr08 坐标: 7988485-7990227 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001047`
名称	SmilChr08G001047
描述	probable protein phosphatase 2C 22
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	7988485 - 7990227 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998014`
GeneID	`130998014`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998014`
原始查询	`SmilChr08G001047`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable protein phosphatase 2C 22
产物	probable protein phosphatase 2C 22
Arabidopsis	`AT2G25620` (DBP1) DNA-binding protein phosphatase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817102] identity=70.7; qcov=0.947; evalue=2.85e-100; confidence=high
Rice	`Os06g0597200` (OsPP2C57) - identity=72.6; qcov=0.89; evalue=1.56e-98; confidence=high
GO	GO:0004722 (protein serine/threonine phosphatase activity); GO:0006470 (protein dephosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00481 (PP2C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998014

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057779434.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057779434.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057779434.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779434.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779434.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:7988853`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr8:7988880`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	A10,A20,B138,C52
`Chr8:7988880`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,A20,B138,C52
`Chr8:7988922`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,C4
`Chr8:7988923`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B111,B113,B129,B42,B43
`Chr8:7988933`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,C4
`Chr8:7989035`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C10,C25,C85
`Chr8:7989041`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,B113,C49
`Chr8:7989052`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B106,B113
`Chr8:7990221`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	13	A9,B107,B114,B139,B24,B58,B72,B81,B98,C14,C79,C80,C83
`Chr8:7990226`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B34,B36
`Chr8:7990226`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B34,B36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779434.1

209 aa

104

209

PP2C

PF00481 PP2C 23-165 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779434.1`	Pfam	`PF00481`	PP2C	Family	23	165	5.9e-45	154.6	Protein phosphatase 2C

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923451.1
ATGGGGATTTCATATTCTGCACGGGATTTGATAAATTATCATAATCTTGCAATTGCTAGTATATGCTCACTGGTGGTGGCGAATGCTGGAGACTGCAGAGCAATGCTGTGTCGAAGGGGCAAAGCAATTGAGATGTCGAGAGATCATAAACCCGTTTGCTTGAGGGAGCTGCGTCGTATAGAAGCCTCGGGAGGTTATGTATACGATGGGCATCTCAACGGGCTGCTCAACATTGCTCGTGCATTGGGCGACTGGCACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998014
ATGGGGATTTCATATTCTGCACGGGATTTGATAAATTATCATAATCTTGCAATTGCTAGTATATGCTCACTGGTGGTGGCGAATGCTGGAGACTGCAGAGCAATGCTGTGTCGAAGGGGCAAAGCAATTGAGATGTCGAGAGATCATAAACCCGTTTGCTTGAGGGAGCTGCGTCGTATAGAAGCCTCGGGAGGTTATGTATACGATGGGCATCTCAACGGGCTGCTCAACATTGCTCGTGCATTGGGCGACTGGCACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779434.1
MGISYSARDLINYHNLAIASICSLVVANAGDCRAMLCRRGKAIEMSRDHKPVCLRELRRIEASGGYVYDGHLNGLLNIARALGDWHMEGLKGGDGGPLTLEPDLMTTRLTEEDEFLVIGCDSLWDVFLCQNALDFARRRLQEHNDPLMCSKDLVDKALKQRSGDNLSVVMVCFQPEPPPNLVVPRGRVHQSISTEGLKELQSFLDDLDI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器