当前解析结果
SmilChr08G001049| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001049 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001049 |
| 描述 | gamma-interferon-responsive lysosomal thiol protein-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 7993333 - 7996628 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000605 |
|---|---|
| GeneID | 131000605 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000605 |
| 原始查询 | SmilChr08G001049 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | gamma-interferon-responsive lysosomal thiol protein-like |
| 产物 | gamma-interferon-responsive lysosomal thiol protein-like |
| Arabidopsis | AT1G07080 (AT1G07080)Thioredoxin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837219] identity=54.5; qcov=0.996; evalue=4.89e-93; confidence=high |
| Rice | Os03g0295800- identity=63.7; qcov=0.737; evalue=1.37e-84; confidence=high |
| GO | GO:0016671 (oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03227 (GILT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000605 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 0.80000 | XP_057782598.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057782598.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782598.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782598.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782598.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:7993623 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A23,B42 |
Chr8:7993844 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C50 |
Chr8:7995129 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B91,C50 |
Chr8:7996296 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr8:7996382 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B112,B94,C61 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782598.1PF03227
GILT 32-134 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782598.1 |
Pfam | PF03227 |
GILT | Family | 32 | 134 | 1.8e-31 | 109.3 | Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase (GILT) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。