Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001049

染色体: Chr08 坐标: 7993333-7996628 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001049
名称SmilChr08G001049
描述gamma-interferon-responsive lysosomal thiol protein-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向7993333 - 7996628 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000605
GeneID131000605
locus_tag-
NCBI NameLOC131000605
原始查询SmilChr08G001049

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述gamma-interferon-responsive lysosomal thiol protein-like
产物gamma-interferon-responsive lysosomal thiol protein-like
ArabidopsisAT1G07080 (AT1G07080)
Thioredoxin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837219]
identity=54.5; qcov=0.996; evalue=4.89e-93; confidence=high
RiceOs03g0295800
-
identity=63.7; qcov=0.737; evalue=1.37e-84; confidence=high
GOGO:0016671 (oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor)
KEGG-
PfamPF03227 (GILT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000605

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057782598.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057782598.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782598.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782598.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782598.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:7993623 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B42
Chr8:7993844 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr8:7995129 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C50
Chr8:7996296 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr8:7996382 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B94,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782598.1
247 aa
N
1
124
247
GILT
C
PF03227 GILT 32-134 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782598.1 Pfam PF03227 GILT Family 32 134 1.8e-31 109.3 Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase (GILT)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926615.1
ATCTTAGAGTCGTGCGTATAAAAACAACATTTGATTTGATTTTACGTTCACATACACATACTAGGTAGAAAAAGAAAATTAATCCATAGCAACATATAATTCGATCTTTTGCTTAAAATAAGTGTTAAAAATTAGAAAAGTAGCTATCGCCATAAACGTGGAGCTTATACCAACGTAAAAAAATGGGGTCAAACTGAATAATTATCGCATCTAAATCTGATCGCATTATCACAGGAAACTGAGTGACGGAGTGAAGCGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000605
ATGGATGCTCTTCGATTTCTCTTGGTTCTATCAATAATCTCTTCTTCTTCTGCTGCTGCCACCGCCGCCGGCAACGGTGGCGAGAAAGTGGCGCTGGAGCTCTACTACGAGACGCTCTGCCCCTACTGTTCCAATCTCATAGTCAACTACCTCTACAAAATATTCGAGTCTGACCTCATCTCAATTACCGATCTAAAGCTTATTCCCTATGGAAACGCTAAAATCAAGTCTAATGGTACCATCGTTTGCCAGCATGGTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782598.1
MDALRFLLVLSIISSSSAAATAAGNGGEKVALELYYETLCPYCSNLIVNYLYKIFESDLISITDLKLIPYGNAKIKSNGTIVCQHGKYECILNTVEACAIDAWPDVNDHFPFIYCVESLVYHNNYTYWETCFEKLGLDATPVMDCYNGDRGTEIELRYAAQTNALEPPHTYVPWVVVDGQPLYDDYRNFKSYICEAYKGTPKPSACSKSSIGSIRKMKMDLLNSLFGQESFKSKFSRVLSAIFSWLQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器