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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001094

染色体: Chr08 坐标: 8439003-8442159 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001094
名称SmilChr08G001094
描述auxin response factor 4-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向8439003 - 8442159 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000674
GeneID131000674
locus_tag-
NCBI NameLOC131000674
原始查询SmilChr08G001094

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述auxin response factor 4-like
产物auxin response factor 4-like
ArabidopsisAT5G60450 (ARF4)
auxin response factor 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836166]
identity=61.6; qcov=0.844; evalue=4.81e-166; confidence=high
RiceOs05g0563400 (OsARF15)
-
identity=50; qcov=0.84; evalue=6.67e-125; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009725 (response to hormone)
KEGG-
PfamPF02362 (B3); PF06507 (ARF_AD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000674

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782680.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782680.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782680.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782680.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057782680.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:8439809 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B59
Chr8:8439956 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr8:8440182 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr8:8440376 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B99,C87
Chr8:8440376 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C87
Chr8:8440383 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr8:8440473 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B101,C8
Chr8:8440539 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr8:8440834 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B55,C2,C21,C36
Chr8:8440853 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:8441079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,C15
Chr8:8441270 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B14,B2,B46,C14,C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782680.1
484 aa
N
1
242
484
B3
ARF_AD
C
PF02362 B3 160-261 aa PF06507 ARF_AD 309-392 aa
XP_057782681.1
481 aa
N
1
240
481
B3
ARF_AD
C
PF02362 B3 160-261 aa PF06507 ARF_AD 309-389 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782680.1 Pfam PF02362 B3 Domain 160 261 2.3e-23 82.8 B3 DNA binding domain
XP_057782680.1 Pfam PF06507 ARF_AD Domain 309 392 1.9e-26 92.4 Auxin response factor ancillary domain
XP_057782681.1 Pfam PF02362 B3 Domain 160 261 2.3e-23 82.8 B3 DNA binding domain
XP_057782681.1 Pfam PF06507 ARF_AD Domain 309 389 8e-29 100.1 Auxin response factor ancillary domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926697.1
GGAACTCTGGGAGAGACATTTCCCCCCGCCTCTCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACGCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGGGCATTACTACATTGGCCTTTAGCTTCTGTTTTGTTCCTTGGCAGTCGTTAATCTCAACTGCTACTGCTTCTCATTCAACTCCTAATACCGAACTAATCACAACTCCTTTTCTTCTTATCTAATCTCAAAACTTCTTACAAACTCATATTACA...
XM_057926698.1
GGAACTCTGGGAGAGACATTTCCCCCCGCCTCTCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACGCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGGGCATTACTACATTGGCCTTTAGCTTCTGTTTTGTTCCTTGGCAGTCGTTAATCTCAACTGCTACTGCTTCTCATTCAACTCCTAATACCGAACTAATCACAACTCCTTTTCTTCTTATCTAATCTCAAAACTTCTTACAAACTCATATTACA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131000674
ATGGAAATCGATCTCAACCTTGCAGTTTGTGATGAGACTGCATGTGGTAATGACGGAGAATGTGATCGTTTTAGCTTGTCTAAATGCACTTCATCTGCTGCTGCCTCTTTCTTTTCTTGTTCAGCATTTGCATCATCATCACCATCATCCTCTCCATCGCCGTCAATCTACGTGGAGCTATGGCATGCCTGTGCAGGACCTGCTACTATTCTGCACAAGAAAGGAGATATAGTTGTGTATTTCCCTCAAGGCCACTTGGA...
LOC131000674
ATGGAAATCGATCTCAACCTTGCAGTTTGTGATGAGACTGCATGTGGTAATGACGGAGAATGTGATCGTTTTAGCTTGTCTAAATGCACTTCATCTGCTGCTGCCTCTTTCTTTTCTTGTTCAGCATTTGCATCATCATCACCATCATCCTCTCCATCGCCGTCAATCTACGTGGAGCTATGGCATGCCTGTGCAGGACCTGCTACTATTCTGCACAAGAAAGGAGATATAGTTGTGTATTTCCCTCAAGGCCACTTGGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057782680.1
MEIDLNLAVCDETACGNDGECDRFSLSKCTSSAAASFFSCSAFASSSPSSSPSPSIYVELWHACAGPATILHKKGDIVVYFPQGHLEQANSSPPSFDLPPQILCRVVDVQLIANNENDEVYSQLSLNPLQQQQMIGVELEGKERENVGVEEGGKSSSHMFCKTLTASDTSTHGGFSVPRRAAEDCFPPLNYEEQRPSQELVATDLHGVEWKFRHIYRGQPRRHLLTTGWSAFVSRKNLVSGDAVLFMRGEAGEVRLGIRR...
XP_057782681.1
MEIDLNLAVCDETACGNDGECDRFSLSKCTSSAAASFFSCSAFASSSPSSSPSPSIYVELWHACAGPATILHKKGDIVVYFPQGHLEQANSSPPSFDLPPQILCRVVDVQLIANNENDEVYSQLSLNPLQQQQMIGVELEGKERENVGVEEGGKSSSHMFCKTLTASDTSTHGGFSVPRRAAEDCFPPLNYEEQRPSQELVATDLHGVEWKFRHIYRGQPRRHLLTTGWSAFVSRKNLVSGDAVLFMRGEAGEVRLGIRR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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