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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001097

染色体: Chr08 坐标: 8465073-8468451 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001097
名称SmilChr08G001097
描述general transcription factor IIH subunit 2
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向8465073 - 8468451 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000679
GeneID131000679
locus_tag-
NCBI NameLOC131000679
原始查询SmilChr08G001097

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述general transcription factor IIH subunit 2
产物general transcription factor IIH subunit 2
ArabidopsisAT1G05055 (GTF2H2)
ral transcription factor II H2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839332]
identity=74.6; qcov=0.954; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0508900
-
identity=73.2; qcov=0.95; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000439 (transcription factor TFIIH core complex); GO:0005675 (transcription factor TFIIH holo complex); GO:0006289 (nucleotide-excision repair); GO:0006351 (DNA-templated transcription); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGGsmil03022 (Basal transcription factors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03420 (Nucleotide excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04056 (Ssl1); PF07975 (C1_4); PF13519 (VWA_2); PF27618 (Zn_ribbon_GTF2H2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000679

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057782686.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057782686.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057782687.1
4 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057782686.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782687.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:8465921 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr8:8467337 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr8:8467391 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B45,B62
Chr8:8467593 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782686.1
440 aa
N
1
220
440
VWA_2
Ssl1
Zn_ribbon_GTF2H2
C1_4
C
PF13519 VWA_2 107-214 aa PF04056 Ssl1 109-299 aa PF27618 Zn_ribbon_GTF2H2 323-353 aa PF07975 C1_4 381-429 aa
XP_057782687.1
417 aa
N
1
208
417
VWA_2
Ssl1
Zn_ribbon_GTF2H2
C1_4
C
PF13519 VWA_2 84-191 aa PF04056 Ssl1 86-276 aa PF27618 Zn_ribbon_GTF2H2 300-330 aa PF07975 C1_4 358-406 aa
XP_057782688.1
417 aa
N
1
208
417
VWA_2
Ssl1
Zn_ribbon_GTF2H2
C1_4
C
PF13519 VWA_2 84-191 aa PF04056 Ssl1 86-276 aa PF27618 Zn_ribbon_GTF2H2 300-330 aa PF07975 C1_4 358-406 aa
XP_057782689.1
417 aa
N
1
208
417
VWA_2
Ssl1
Zn_ribbon_GTF2H2
C1_4
C
PF13519 VWA_2 84-191 aa PF04056 Ssl1 86-276 aa PF27618 Zn_ribbon_GTF2H2 300-330 aa PF07975 C1_4 358-406 aa
XP_057782690.1
417 aa
N
1
208
417
VWA_2
Ssl1
Zn_ribbon_GTF2H2
C1_4
C
PF13519 VWA_2 84-191 aa PF04056 Ssl1 86-276 aa PF27618 Zn_ribbon_GTF2H2 300-330 aa PF07975 C1_4 358-406 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782686.1 Pfam PF13519 VWA_2 Domain 107 214 3.6e-11 44.3 von Willebrand factor type A domain
XP_057782686.1 Pfam PF04056 Ssl1 Domain 109 299 5.6e-81 271.7 Ssl1-like
XP_057782686.1 Pfam PF27618 Zn_ribbon_GTF2H2 Domain 323 353 4e-07 30.2 GTF2H2 zinc ribbon domain
XP_057782686.1 Pfam PF07975 C1_4 Domain 381 429 3.6e-18 66.2 TFIIH C1-like domain
XP_057782687.1 Pfam PF13519 VWA_2 Domain 84 191 3.3e-11 44.5 von Willebrand factor type A domain
XP_057782687.1 Pfam PF04056 Ssl1 Domain 86 276 5e-81 271.9 Ssl1-like
XP_057782687.1 Pfam PF27618 Zn_ribbon_GTF2H2 Domain 300 330 3.7e-07 30.3 GTF2H2 zinc ribbon domain
XP_057782687.1 Pfam PF07975 C1_4 Domain 358 406 3.4e-18 66.3 TFIIH C1-like domain
XP_057782688.1 Pfam PF13519 VWA_2 Domain 84 191 3.3e-11 44.5 von Willebrand factor type A domain
XP_057782688.1 Pfam PF04056 Ssl1 Domain 86 276 5e-81 271.9 Ssl1-like
XP_057782688.1 Pfam PF27618 Zn_ribbon_GTF2H2 Domain 300 330 3.7e-07 30.3 GTF2H2 zinc ribbon domain
XP_057782688.1 Pfam PF07975 C1_4 Domain 358 406 3.4e-18 66.3 TFIIH C1-like domain
XP_057782689.1 Pfam PF13519 VWA_2 Domain 84 191 3.3e-11 44.5 von Willebrand factor type A domain
XP_057782689.1 Pfam PF04056 Ssl1 Domain 86 276 5e-81 271.9 Ssl1-like
XP_057782689.1 Pfam PF27618 Zn_ribbon_GTF2H2 Domain 300 330 3.7e-07 30.3 GTF2H2 zinc ribbon domain
XP_057782689.1 Pfam PF07975 C1_4 Domain 358 406 3.4e-18 66.3 TFIIH C1-like domain
XP_057782690.1 Pfam PF13519 VWA_2 Domain 84 191 3.3e-11 44.5 von Willebrand factor type A domain
XP_057782690.1 Pfam PF04056 Ssl1 Domain 86 276 5e-81 271.9 Ssl1-like
XP_057782690.1 Pfam PF27618 Zn_ribbon_GTF2H2 Domain 300 330 3.7e-07 30.3 GTF2H2 zinc ribbon domain
XP_057782690.1 Pfam PF07975 C1_4 Domain 358 406 3.4e-18 66.3 TFIIH C1-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926706.1
GGGCTATGAATAGAATCACCCATGTGATAAACCCCCCCTCTCAACTCTCAACCCGCTAATTATTGGTCCTTTCTTTTTAAGATCAAACAATTCGATTATTTTCTTGGGCTGTTCCAATTAGAGTATTTTTTTCGAGAAGAGTTTGGAATATGTCGCGTAAAGATGCGGAAATGAAGTTTAACAGAGAAGAAGACGAGGAAGATGATGATGGAGAAGGTAGGGGACTTGAGGCATGGGAGAGAACTTACGCAGATGAGAGA...
XM_057926703.1
AACTCTCAACCCGCTAATTATTGGTCCTTTCTTTTTAAGATCAAACAATTCGATTATTTTCTTGGGCTGTTCCAATTAGAGGTACAAATTCATTTTTGTTTTCGTACTTTGTTCTGTCAATCGAATCTTAACTTTACAGTCTTTACTAGTCCTTGAATTTAATTTTGTTAACTCGATTTTGTGCGCATTGTATCCATTTGTTCTTTCTTGAAGAAGTCATTTCGCTTTAGGTTTTTGGCGTGCAGATACTGCTGCTTGTT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131000679
ATGCGTGTTATCTTTTTCTTTTTCTTTTTATTATTATTATTAGTATTTTTTTCGAGAAGAGTTTGGAATATGTCGCGTAAAGATGCGGAAATGAAGTTTAACAGAGAAGAAGACGAGGAAGATGATGATGGAGAAGGTAGGGGACTTGAGGCATGGGAGAGAACTTACGCAGATGAGAGATCGTGGGAGTCTCTGCAAGAAGACGAGTCTGGCCTTCTCCGCCCTATCGATAACAAAACGCTTTACCATGCTCAATATCG...
LOC131000679
ATGTCGCGTAAAGATGCGGAAATGAAGTTTAACAGAGAAGAAGACGAGGAAGATGATGATGGAGAAGGTAGGGGACTTGAGGCATGGGAGAGAACTTACGCAGATGAGAGATCGTGGGAGTCTCTGCAAGAAGACGAGTCTGGCCTTCTCCGCCCTATCGATAACAAAACGCTTTACCATGCTCAATATCGTCGACGTCTTCGGACCACAACAGCTGCTCGGATTCAGAAAGGATTGATTCGCTATTTGTACATTGTTAT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057782686.1
MRVIFFFFFLLLLLVFFSRRVWNMSRKDAEMKFNREEDEEDDDGEGRGLEAWERTYADERSWESLQEDESGLLRPIDNKTLYHAQYRRRLRTTTAARIQKGLIRYLYIVIDLSRAAGESDYKPSRMMVVARQVEAFIREFFDQNPLSQVGLVTLKDGVANCLTDLGGSPESHIKALMGKLTSSGDASLQNGLDLVQSLLNRIPSYGHREVLILYSALSTCDPGEIMETIQKCKASKIRCSVIGLSAELYICKYLCQETGG...
XP_057782687.1
MSRKDAEMKFNREEDEEDDDGEGRGLEAWERTYADERSWESLQEDESGLLRPIDNKTLYHAQYRRRLRTTTAARIQKGLIRYLYIVIDLSRAAGESDYKPSRMMVVARQVEAFIREFFDQNPLSQVGLVTLKDGVANCLTDLGGSPESHIKALMGKLTSSGDASLQNGLDLVQSLLNRIPSYGHREVLILYSALSTCDPGEIMETIQKCKASKIRCSVIGLSAELYICKYLCQETGGSYYVALDEFHLKELIFEHAPPPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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