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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001102`

染色体: Chr08 坐标: 8514223-8518250 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001102`
名称	SmilChr08G001102
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At2g27800, mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	8514223 - 8518250 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000682`
GeneID	`131000682`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000682`
原始查询	`SmilChr08G001102`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At2g27800, mitochondrial-like
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At2g27800%2C mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT2G27800` (AT2G27800) Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817327] identity=64.2; qcov=0.816; evalue=1.21e-166; confidence=high
Rice	`Os01g0747600` - identity=34.9; qcov=0.811; evalue=8.55e-69; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000682

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057782694.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.40000	`XP_057782694.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057782694.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782694.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782694.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:8514760`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:8515071`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B24
`Chr8:8515071`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B24
`Chr8:8515537`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B59
`Chr8:8515928`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782694.1

424 aa

212

424

PPR

PPR_3

PPR_2

PPR

PPR_1

PPR_3

PPR_2

TPR_24

PPR

PF01535 PPR 187-212 aa PF13812 PPR_3 187-231 aa PF13812 PPR_3 251-308 aa PF13041 PPR_2 263-312 aa PF01535 PPR 267-291 aa PF12854 PPR_1 297-328 aa PF13812 PPR_3 298-344 aa PF13041 PPR_2 299-347 aa PF23276 TPR_24 301-392 aa PF01535 PPR 302-332 aa PF01535 PPR 338-365 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782694.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	187	212	1.5e-23	82.0	PPR repeat
`XP_057782694.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	187	231	3.3e-18	66.2	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057782694.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	251	308	3.3e-18	66.2	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057782694.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	263	312	2.8e-33	114.5	PPR repeat family
`XP_057782694.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	267	291	1.5e-23	82.0	PPR repeat
`XP_057782694.1`	Pfam	`PF12854`	PPR_1	Repeat	297	328	1.4e-25	89.4	PPR repeat
`XP_057782694.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	298	344	3.3e-18	66.2	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057782694.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	299	347	2.8e-33	114.5	PPR repeat family
`XP_057782694.1`	Pfam	`PF23276`	TPR_24	Repeat	301	392	3e-08	34.4	Pentatricopeptide repeat-containing protein
`XP_057782694.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	302	332	1.5e-23	82.0	PPR repeat
`XP_057782694.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	338	365	1.5e-23	82.0	PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XR_009093770.1
AGCAAGAGCAAAACAGTAGACAGAATCACAAAATAGGAAAATCGCGGAGGGATTATTGTTGAGGATTGGGGAGTAGTTGTAGTAGAGCTCGAGGCCCATGCCGTCGTGTCCTTGTACAGTTTCTGGATTCTGATCTTGTTGGCGCCGCCACCAGCTTCTTGAGGCCGCCGATCATCTGGTTGTAGCCGATCACCTCAATAACCCTAGCTAGAATGTCTATAAACCTGTCCCAAACTCGTCACTTAACACTTACCCAAACC...

XR_009093769.1
AGCAAGAGCAAAACAGTAGACAGAATCACAAAATAGGAAAATCGCGGAGGGATTATTGTTGAGGATTGGGGAGTAGTTGTAGTAGAGCTCGAGGCCCATGCCGTCGTGTCCTTGTACAGTTTCTGGATTCTGATCTTGTTGGCGCCGCCACCAGCTTCTTGAGGCCGCCGATCATCTGGTTGTAGCCGATCACCTCAATAACCCTAGCTAGAATGTCTATAAACCTGTCCCAAACTCGTCACTTAACACTTACCCAAACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000682
ATGTTCACTCTACGCGGGAACAAATTTCAACGCCTCCAACCCAATAAACCCTCCTACTACAGTATCTTCAGTTTAACCCGATCAAATTCTCGCACTCCTTCGTTACCCACATTTCAGAGTCTCTCAAATCCAACATTCTTGTTTCTATTACACGGCGAACGACCTAAAAATGCAGTCTTTTTCAGAAACCCATCTGCTGCATCGTATTCTTCACGAATCTACAAAGGCCCGATACCAAGAACACTGAGGAGGAGAATCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782694.1
MFTLRGNKFQRLQPNKPSYYSIFSLTRSNSRTPSLPTFQSLSNPTFLFLLHGERPKNAVFFRNPSAASYSSRIYKGPIPRTLRRRIKKRERAAAKPALNEALFQAAKSQLPPRFTPEELHDVIALQEDPLVCLELFNWASQQHRFRHNVLTYHATIKKLGAAKMYEEMDYVVNQVLAVSSIASEPLYNSMIYYFTEARKLVRAVNIFKRMCDCRKLDSRPTIRTYNILFGALLSRGKNSYINHMYMETIRSLFKQMVDDG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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