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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001113

染色体: Chr08 坐标: 8633853-8634675 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001113
名称SmilChr08G001113
描述LOB domain-containing protein 1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向8633853 - 8634675 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000696
GeneID131000696
locus_tag-
NCBI NameLOC131000696
原始查询SmilChr08G001113

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LOB domain-containing protein 1
产物LOB domain-containing protein 1
ArabidopsisAT1G07900 (LBD1)
LOB domain-containing protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837305]
identity=63.8; qcov=0.994; evalue=4.11e-68; confidence=high
RiceOs03g0287400
-
identity=70.7; qcov=0.764; evalue=2.75e-63; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF03195 (LOB)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000696

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782706.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782706.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782706.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782706.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057782706.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:8634173 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:8634220 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B29
Chr8:8634220 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782706.1
161 aa
N
1
80
161
LOB
C
PF03195 LOB 20-117 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782706.1 Pfam PF03195 LOB Family 20 117 3.6e-41 140.4 Lateral organ boundaries (LOB) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926723.1
AGGTGGGAGTAATAAATAGAAGGCAAGGCAAGGCGTGTAGTTTTTCAAAGAAAGCAACTCTCCTCTGGCCTCTGCCTATATATATCCCACCTCTGCCCCAACACAACCAACTCCTCTGTTTTGAGATATGGAGGGCAGCGACAGTACTAGCTCTCAATCTCCATCCCCATCCGTGGTGATGAGCCCTTGCGCCGCCTGCAAGATCCTGCGGCGGCGCTGCATCGAGAAATGCGTGCTGGCGCCTTACTTCCCGCCGCACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000696
ATGGAGGGCAGCGACAGTACTAGCTCTCAATCTCCATCCCCATCCGTGGTGATGAGCCCTTGCGCCGCCTGCAAGATCCTGCGGCGGCGCTGCATCGAGAAATGCGTGCTGGCGCCTTACTTCCCGCCGCACGACCCGCTGAAATTCACGACCGCTCACCGCGTGTTCGGCGCCAGCAACATAATCAAGTTCCTGCAGGAAGTCCCCGAGGCGCAGCGGGAGGACGCGGTGAGCAGCATGGTGTACGAGGCCAACGCGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782706.1
MEGSDSTSSQSPSPSVVMSPCAACKILRRRCIEKCVLAPYFPPHDPLKFTTAHRVFGASNIIKFLQEVPEAQREDAVSSMVYEANARLRDPVYGCAGAICHLQKQVADLQEQLAKAQAQIVNMQCHHSNLMALICMDMDMDDFSCSPHTDTNNLLDPLWII

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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