Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001132`

染色体: Chr08 坐标: 8871788-8873106 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001132`
名称	SmilChr08G001132
描述	chitinase 2-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	8871788 - 8873106 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000713`
GeneID	`131000713`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000713`
原始查询	`SmilChr08G001132`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	chitinase 2-like
产物	chitinase 2-like
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os10g0416800` (Oschib2) - identity=53.2; qcov=0.816; evalue=4.12e-99; confidence=high
GO	GO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF00704 (Glyco_hydro_18)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000713

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell wall	细胞壁	0.60000	`XP_057782739.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.60000	`XP_057782739.1`
3	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057782739.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057782739.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782739.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:8872204`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr8:8872255`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B30
`Chr8:8872255`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B30
`Chr8:8872282`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr8:8872414`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,C65
`Chr8:8872455`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,B64,C76
`Chr8:8872501`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C55,C83,D2,D3
`Chr8:8872573`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr8:8872639`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,C65
`Chr8:8872693`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr8:8872699`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106
`Chr8:8872706`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B71,B97

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782739.1

348 aa

174

348

Glyco_hydro_18

PF00704 Glyco_hydro_18 134-262 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782739.1`	Pfam	`PF00704`	Glyco_hydro_18	Domain	134	262	1.2e-12	48.9	Glycosyl hydrolases family 18

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926756.1
ATGGCATCATCACAATCACCCCAACATTCCTATTTCACATCCATATATATACAGCCACAAAAACCCTTATTTTGTATATCCTCACACACACACACACCCCCAAAAAGCAGCAGTAGCAGCATGGATTCACCCACAGCTCTTCTCTTTCTTCTTCTTCTTCCTCCTCTCCACTTTCTCCTCTGCAATCTCCCCACCGTCGGAGCAGCACCGCCGGAGAAACTCTTTCGAGAATACATCGGAGCCGAGGGCAACAATGTGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000713
ATGGCATCATCACAATCACCCCAACATTCCTATTTCACATCCATATATATACAGCCACAAAAACCCTTATTTTGTATATCCTCACACACACACACACCCCCAAAAAGCAGCAGTAGCAGCATGGATTCACCCACAGCTCTTCTCTTTCTTCTTCTTCTTCCTCCTCTCCACTTTCTCCTCTGCAATCTCCCCACCGTCGGAGCAGCACCGCCGGAGAAACTCTTTCGAGAATACATCGGAGCCGAGGGCAACAATGTGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782739.1
MASSQSPQHSYFTSIYIQPQKPLFCISSHTHTPPKSSSSSMDSPTALLFLLLLPPLHFLLCNLPTVGAAPPEKLFREYIGAEGNNVTFTDVPISPAVDFHFLLSFAIDYTDGSHPTPTNGDFRVYWDTANLSPSQVSAIKAKHANVRVGMSLGGDTTNSKQQVFFHPTSVNSWVANAIHSITDIVTTYNLDGIDIDYEHFDSDTDTFAECIGKLLFYLKQNKIISFASIAPYEDKSVKPYYLALWRKYGNLIDYVNFQFY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器