Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001144

染色体: Chr08 坐标: 9032790-9039172 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001144
名称SmilChr08G001144
描述probable NOT transcription complex subunit VIP2
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向9032790 - 9039172 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000729
GeneID131000729
locus_tag-
NCBI NameLOC131000729
原始查询SmilChr08G001144

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable NOT transcription complex subunit VIP2
产物probable NOT transcription complex subunit VIP2
ArabidopsisAT1G07705 (AT1G07705)
NOT2 / NOT3 / NOT5 family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837284]
identity=68.3; qcov=0.936; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0782200
-
identity=60; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000289 (nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening); GO:0000932 (P-body); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0030015 (CCR4-NOT core complex)
KEGGsmil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04153 (NOT2_3_5_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000729

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057782755.1
2 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782757.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 1.00000 XP_057782759.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 1.00000 XP_057782759.1
5 P-body P-body 0.60000 XP_057782759.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:9034649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,B35,B78
Chr8:9034698 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B60
Chr8:9034698 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr8:9035010 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B109,B82,D2
Chr8:9035010 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B82,D2
Chr8:9035099 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B121
Chr8:9035099 TCC T 2bp_deletion CDS_variant 1 B121
Chr8:9035103 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B15,C1,C61
Chr8:9035104 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,A24,B140,B94
Chr8:9035118 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr8:9035142 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B94,C26,C77
Chr8:9037059 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,B52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782755.1
663 aa
N
1
332
663
NOT2_3_5_C
C
PF04153 NOT2_3_5_C 531-654 aa
XP_057782756.1
663 aa
N
1
332
663
NOT2_3_5_C
C
PF04153 NOT2_3_5_C 531-654 aa
XP_057782757.1
662 aa
N
1
331
662
NOT2_3_5_C
C
PF04153 NOT2_3_5_C 531-653 aa
XP_057782758.1
662 aa
N
1
331
662
NOT2_3_5_C
C
PF04153 NOT2_3_5_C 531-653 aa
XP_057782759.1
550 aa
N
1
275
550
NOT2_3_5_C
C
PF04153 NOT2_3_5_C 418-541 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782755.1 Pfam PF04153 NOT2_3_5_C Domain 531 654 1.8e-41 141.9 NOT2/NOT3/NOT5 C-terminal
XP_057782756.1 Pfam PF04153 NOT2_3_5_C Domain 531 654 1.8e-41 141.9 NOT2/NOT3/NOT5 C-terminal
XP_057782757.1 Pfam PF04153 NOT2_3_5_C Domain 531 653 6.8e-41 140.0 NOT2/NOT3/NOT5 C-terminal
XP_057782758.1 Pfam PF04153 NOT2_3_5_C Domain 531 653 6.8e-41 140.0 NOT2/NOT3/NOT5 C-terminal
XP_057782759.1 Pfam PF04153 NOT2_3_5_C Domain 418 541 1.2e-41 142.4 NOT2/NOT3/NOT5 C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926773.1
AGCAGCCCTGACCGTGAGTGTGAAATGTGTAGGGGTTTGAGTGAGTTGTCCCCCAATCCCCATTCTCTTTTCATTTCTCTCTCTCGTAGTCGTAGATTATATCAAAATCCCTCGACCCTTTCTCTATCCTCTCTGTCTCTCTCCACACTCCAATTCTCTCTCCATACTTGAATTATCGCCCGCGGATCTATCTCCTCTCTAGGTCTACAATTTTATCTCCTTTTCTCTTTATTATACATATATGGAGCATATAGTATTTG...
XM_057926775.1
AGCAGCCCTGACCGTGAGTGTGAAATGTGTAGGGGTTTGAGTGAGTTGTCCCCCAATCCCCATTCTCTTTTCATTTCTCTCTCTCGTAGTCGTAGATTATATCAAAATCCCTCGACCCTTTCTCTATCCTCTCTGTCTCTCTCCACACTCCAATTCTCTCTCCATACTTGAATTATCGCCCGCGGATCTATCTCCTCTCTAGGTCTACAATTTTATCTCCTTTTCTCTTTATTATACATATATGGAGCATATAGTATTTG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131000729
ATGTCAGGGTTGCTCAATTCATCACTGAACGGATCTACTTCAAGCCTTCCTGACAGCACAGGGCGTTCATATACTTCGTCCTTTTCTGTACAGTCTGGTGCTGGTTCTCCTGTTTTTCATCACACTGGAAATATGCAGGGACTGCATAATCTTCATGGAAACTTTAATGTTCCAAACATGCCAGGTGCGCTTGGATCGAGAAGTACAACTATGAATAACATTGCTTCAAGTGGGTTGCAACAAGCTTCTGGCAACCTTTC...
LOC131000729
ATGTCAGGGTTGCTCAATTCATCACTGAACGGATCTACTTCAAGCCTTCCTGACAGCACAGGGCGTTCATATACTTCGTCCTTTTCTGTACAGTCTGGTGCTGGTTCTCCTGTTTTTCATCACACTGGAAATATGCAGGGACTGCATAATCTTCATGGAAACTTTAATGTTCCAAACATGCCAGGTGCGCTTGGATCGAGAAGTACAACTATGAATAACATTGCTTCAAGTGGGTTGCAACAAGCTTCTGGCAACCTTTC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057782755.1
MSGLLNSSLNGSTSSLPDSTGRSYTSSFSVQSGAGSPVFHHTGNMQGLHNLHGNFNVPNMPGALGSRSTTMNNIASSGLQQASGNLSTGRFASNNLPVALSQISHSNTHVHSGMASRGGMNVIGNQGYSSSTNGVGGSIPGILPTSAAIGNRTSVPGLGVSPVLGNAGQRITSSMGSIVGGGNIGRNISSGGGLSMPGLASRLNLSANSGSGNLSVQGQNRLMSGVLQQASPQVLSMLGSSYPSAGGPLSQNHVQSMNNL...
XP_057782756.1
MSGLLNSSLNGSTSSLPDSTGRSYTSSFSVQSGAGSPVFHHTGNMQGLHNLHGNFNVPNMPGALGSRSTTMNNIASSGLQQASGNLSTGRFASNNLPVALSQISHSNTHVHSGMASRGGMNVIGNQGYSSSTNGVGGSIPGILPTSAAIGNRTSVPGLGVSPVLGNAGQRITSSMGSIVGGGNIGRNISSGGGLSMPGLASRLNLSANSGSGNLSVQGQNRLMSGVLQQASPQVLSMLGSSYPSAGGPLSQNHVQSMNNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器