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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001148

染色体: Chr08 坐标: 9053507-9055769 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001148
名称SmilChr08G001148
描述single-strand DNA endonuclease 1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向9053507 - 9055769 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000732
GeneID131000732
locus_tag-
NCBI NameLOC131000732
原始查询SmilChr08G001148

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述single-strand DNA endonuclease 1-like
产物single-strand DNA endonuclease 1-like
ArabidopsisAT3G48900 (AT3G48900)
single-stranded DNA endonuclease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824051]
identity=68.2; qcov=0.423; evalue=4.21e-13; confidence=low
RiceOs08g0101600 (OsSEND-1)
-
identity=37.5; qcov=0.923; evalue=2.35e-11; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000732

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057782764.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057782764.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782764.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782764.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782764.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:9054079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr8:9054730 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,C71
Chr8:9054832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr8:9054837 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093781.1
AAAAATAGACAATCAAACTTTGAAACACACATTCAGCACCAACAGCCGCCCACTATGTTCTTCTCGAAGTTTCAGTCGAGCTCCCCCTTTCAGTCGACCTCTCCGGCGCCGCCCCACCCCGACCGACGCCACACGTCCCCTGCGCCGCCTCCATATCTCACCCCGTCTATCTCAACGGCCGACGCAACCACAAAATATCATCTCTGTCGCCTGCCCCCAAATCTAAAACCCTACTTGAAATTCATCTCATCTGCCGCACA...
XR_009093782.1
AGACAATCAAACTTTGAAACACACATTCAGCACCAACAGCCGCCCACTATGTTCTTCTCGAAGTTTCAGTCGAGCTCCCCCTTTCAGTCGACCTCTCCGGCGCCGCCCCACCCCGACCGACGCCACACGTCCCCTGCGCCGCCTCCATATCTCACCCCGTCTATCTCAACGGCCGACGCAACCACAAAATATCATCTCTGTCGCCTGCCCCCAAATCTAAAACCCTACTTGAAATTCATCTCATCTGCCGCACAACTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000732
ATGGTGAACTGTGTGTTGAAGATGAATGTGCACAGACCTGTGGGTACTAGGGTTGTATTTGGTGATGAATACAATACCTTACCACCTCTTGCTCCAATACTGGATCAAATTCGTCAATCTGGGCCAAAAAAGATGAGTACATCCTTCCAAAGATTGCAAGATGAGTACATCCTTCCAAAGATTGCAGAAAGAAACTTGAGGCAATTTGCTAACCTTCGTTCGACTTCATCGGAATTAGAACTCCGTTTGCCAATTAATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782764.1
MVNCVLKMNVHRPVGTRVVFGDEYNTLPPLAPILDQIRQSGPKKMSTSFQRLQDEYILPKIAERNLRQFANLRSTSSELELRLPINEMPMKCPVSTKNPGKGLF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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