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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001149

染色体: Chr08 坐标: 9057738-9060230 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001149
名称SmilChr08G001149
描述ankyrin repeat-containing protein At5g02620-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向9057738 - 9060230 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000733
GeneID131000733
locus_tag-
NCBI NameLOC131000733
原始查询SmilChr08G001149

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ankyrin repeat-containing protein At5g02620-like
产物ankyrin repeat-containing protein At5g02620-like
ArabidopsisAT1G07710 (AT1G07710)
Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837285]
identity=69.8; qcov=0.932; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0281100 (OsSTA96)
-
identity=64.2; qcov=0.97; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0008157 (protein phosphatase 1 binding); GO:0019888 (protein phosphatase regulator activity); GO:0035304 (GO:0035304)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF12796 (Ank_2); PF13606 (Ank_3); PF13637 (Ank_4); PF13962 (PGG)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000733

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057782765.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782765.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782765.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782765.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782765.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:9057901 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B24,B53,B61
Chr8:9058186 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,C19,D11
Chr8:9058274 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr8:9058333 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,C26
Chr8:9058381 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B97,C19
Chr8:9058414 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B129,B60,B86,B87,C38
Chr8:9058450 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr8:9058513 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B108,C28
Chr8:9058522 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B56,B96
Chr8:9058540 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B36,C31
Chr8:9058549 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,C26
Chr8:9058560 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B15,B55,B62,B99,C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782765.1
573 aa
N
1
286
573
Ank_2
Ank
Ank_4
Ank_2
Ank
Ank_4
Ank_2
Ank_3
Ank
Ank_4
Ank
Ank_4
Ank_2
Ank
Ank_3
PGG
C
PF12796 Ank_2 53-114 aa PF00023 Ank 93-114 aa PF13637 Ank_4 97-147 aa PF12796 Ank_2 122-187 aa PF00023 Ank 127-150 aa PF13637 Ank_4 132-182 aa PF12796 Ank_2 194-253 aa PF13606 Ank_3 195-219 aa PF00023 Ank 195-222 aa PF13637 Ank_4 200-246 aa PF00023 Ank 230-261 aa PF13637 Ank_4 234-284 aa PF12796 Ank_2 256-321 aa PF00023 Ank 264-290 aa PF13606 Ank_3 264-290 aa PF13962 PGG 379-495 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782765.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 53 114 1.1e-46 158.0 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057782765.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 93 114 1.6e-42 141.8 Ankyrin repeat
XP_057782765.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 97 147 3.7e-40 135.8 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057782765.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 122 187 1.1e-46 158.0 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057782765.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 127 150 1.6e-42 141.8 Ankyrin repeat
XP_057782765.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 132 182 3.7e-40 135.8 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057782765.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 194 253 1.1e-46 158.0 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057782765.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 195 219 2.3e-36 120.0 Ankyrin repeat
XP_057782765.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 195 222 1.6e-42 141.8 Ankyrin repeat
XP_057782765.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 200 246 3.7e-40 135.8 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057782765.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 230 261 1.6e-42 141.8 Ankyrin repeat
XP_057782765.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 234 284 3.7e-40 135.8 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057782765.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 256 321 1.1e-46 158.0 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057782765.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 264 290 1.6e-42 141.8 Ankyrin repeat
XP_057782765.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 264 290 2.3e-36 120.0 Ankyrin repeat
XP_057782765.1 Pfam PF13962 PGG Domain 379 495 1.6e-29 102.7 Domain of unknown function

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926782.1
AGATATATATGAGGCACGAAACTGGTCCATGCTGTGTATTTGTATAATTTTTTTGAGATCTTCTTTCCACAAACAATCTGTTCAGAAAATAGAATAAAACACATGCATGAAAGAAATCATATCATCACCTTTTAGGCCACCTTTTATTGTTAATCTCTGTTTTTTTTTTCTTGAAATTTTAATTTCAGAGCTCTGTATTTGATTCAGTGCAGATTTACACACACATACACAGACACATATAAAATATTTATTGTGTATGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000733
ATGGAGAGCTCATCAGCAGGGCAGACGCCGTACATATCATCGTTCGCGCAGACTCCGATGACGACGTCGTCGTCGGGGCAGACTCCGATGACGACGTCGTCCGGGCAGACTCCGATGACACCGCGGAAGAAGATGACGAAGCAGCTGACGGGGAAGCGCGACGACTCGGCGCTGCACTCGGCCGCTCGAGCGGGCAATCTAATGGCAATACGAGAGATCATCGATGATGTTGCCGAGGAAGACCTCATTGAGCTTTTGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782765.1
MESSSAGQTPYISSFAQTPMTTSSSGQTPMTTSSGQTPMTPRKKMTKQLTGKRDDSALHSAARAGNLMAIREIIDDVAEEDLIELLSKENWAGETALYVAAEYGYYELVRELIQFYDLPAAGIKAKNGFDALHIAAKQGDLEVVKVLMEAHPELSMTVDIANTTALHTAATQGRIEVVNYFLESECSLATIAKSNGKTALHSAARNGHVQVVKALLSKEARIITRTDKKGQTALHMAAKGQNLEVVAELIRADASTINMV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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