当前解析结果
SmilChr08G001150| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001150 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001150 |
| 描述 | nudix hydrolase 9 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 9063831 - 9069093 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000734 |
|---|---|
| GeneID | 131000734 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000734 |
| 原始查询 | SmilChr08G001150 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | nudix hydrolase 9 |
| 产物 | nudix hydrolase 9 |
| Arabidopsis | AT3G46200 (NUDT9)nudix hydrolase homolog 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823765] identity=61.2; qcov=0.933; evalue=5.3e-132; confidence=high |
| Rice | Os05g0117500- identity=60.5; qcov=0.917; evalue=5.12e-129; confidence=high |
| GO | GO:0052751 (GDP-mannose hydrolase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000734 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057782766.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057782768.1 |
| 3 | Mitochondrion matrix | 线粒体基质 | 1.00000 | XP_057782766.1 |
| 4 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057782768.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782766.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:9064092 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 8 | B124,B16,B6,B93,C13,C15,C29,C43 |
Chr8:9064893 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B109,C41,C9 |
Chr8:9064967 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B15 |
Chr8:9067040 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C64 |
Chr8:9068722 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C47 |
Chr8:9068875 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C39 |
Chr8:9068875 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C39 |
Chr8:9068903 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B60,B87,C38 |
Chr8:9068903 |
CG |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B60,B87,C38 |
Chr8:9068922 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B26 |
Chr8:9068990 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 30 | A14,A16,A19,A24,B1,B102,B103,B108,B112,B113,B139,B83,B85,C12,C13,C21,C22,C24,C25,C30,C32,C33,C37,C58,C59,C68,C80,C83,C86,D5 |
Chr8:9069045 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 24 | A10,A15,A23,A4,B102,B11,B119,B128,B13,B135,B22,B24,B26,B29,B58,B64,B85,C1,C34,C51,C59,C6,C72,D9 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。