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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001155

染色体: Chr08 坐标: 9155628-9157888 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001155
名称SmilChr08G001155
描述exocyst complex component EXO70H1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向9155628 - 9157888 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000739
GeneID131000739
locus_tag-
NCBI NameLOC131000739
原始查询SmilChr08G001155

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述exocyst complex component EXO70H1-like
产物exocyst complex component EXO70H1-like
ArabidopsisAT5G59730 (EXO70H7)
exocyst subunit exo70 family protein H7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836094]
identity=48.8; qcov=0.941; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0382200 (EXO70F3)
-
identity=33.6; qcov=0.832; evalue=1.51e-91; confidence=low
GOGO:0000145 (exocyst); GO:0005546 (phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding); GO:0006887 (exocytosis)
KEGG-
PfamPF03081 (Exo70_C); PF20669 (Exo70_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000739

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057782772.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057782772.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057782772.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782772.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782772.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:9155811 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C57,D6
Chr8:9155834 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr8:9155841 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 13 B112,B19,B41,B66,B8,B88,B97,C29,C49,C55,C65,C83,D2
Chr8:9155843 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 13 B112,B19,B41,B66,B8,B88,B97,C29,C49,C55,C65,C83,D2
Chr8:9155846 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 46 A2,A5,A6,B105,B117,B118,B127,B136,B17,B18,B20,B21,B23,B37,B38,B39,B48,B5,B54,B56,B59,B67,B7,B70,B78,B80,B95,B96,C10,C16,C18,C22,C27,C29,C34,C4,C40,C42,C48,C49,C50,C54,C60,C63,C72,C84
Chr8:9156031 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr8:9156100 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr8:9156101 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B134,B47,B68,B74,C73
Chr8:9156119 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C19
Chr8:9156248 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr8:9156828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B52,B60,B87,C38
Chr8:9157402 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B56,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782772.1
643 aa
N
1
322
643
Exo70_N
Exo70_C
C
PF20669 Exo70_N 44-125 aa PF03081 Exo70_C 248-614 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782772.1 Pfam PF20669 Exo70_N Repeat 44 125 1.4e-14 54.8 Exocyst complex component Exo70 N-terminal
XP_057782772.1 Pfam PF03081 Exo70_C Repeat 248 614 1.3e-114 383.8 Exo70 exocyst complex subunit C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926789.1
CATTCACAGTAATCCATCAATCTCAATCTCAAGCAACAAAATACCACCACTCAATAATTACTTGTTCTACTCAAACACCATCATCATCAAACGTAATCTTCATTTCTCATTATCAATCAAATATCTTGATTTCTCATTATCAATCAAGATTTCTCATTATCAATCAAATTAAAAATGAAAGGTTCGATTTTTTCCAAGAGGTCTTCTCCGTCGCACCATTCCTCTGCCTCCGACTCTCCGTCATCCACGCCGTCGTCTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000739
ATGAAAGGTTCGATTTTTTCCAAGAGGTCTTCTCCGTCGCACCATTCCTCTGCCTCCGACTCTCCGTCATCCACGCCGTCGTCTCGCGCCAGCCACCAAACCTTCTCCGAGACGATGATGGAGGAGAATCTCGACCTCGCCGAGGTTATTATCATGGCATGCAGCATCGACTCCCACAGGCACGAGGAATTCTCATCGCTCTTCGTCGATGATAGAAGAGAAGCGAGAAGATTTCTCGATGCTGTGAGCGGCCTGCAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782772.1
MKGSIFSKRSSPSHHSSASDSPSSTPSSRASHQTFSETMMEENLDLAEVIIMACSIDSHRHEEFSSLFVDDRREARRFLDAVSGLQQAMHYYVKLSSSSDKLVRAQNLMQIAIKRLEKEFYVILSANRKNLDSESVSSRSSRASARSSVSDYYHEDEISDEGEESTSTTPPRTPPRGENTEADLAMADLRNIADCMIASGYARECITIYKLIRKSIIDEALYYLGVEKLSQHQMQKMDWNVLEQKIKVWLHAVKIAVKTL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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