当前解析结果
SmilChr08G001167| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001167 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001167 |
| 描述 | aquaporin TIP1-2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 9353404 - 9354635 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000750 |
|---|---|
| GeneID | 131000750 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000750 |
| 原始查询 | SmilChr08G001167 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | aquaporin TIP1-2-like |
| 产物 | aquaporin TIP1-2-like |
| Arabidopsis | AT4G01470 (TIP1;3)tonoplast intrinsic protein 1;3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828051] identity=77.4; qcov=1; evalue=3.4e-143; confidence=high |
| Rice | Os01g0975900 (OsTIP1)- identity=78.2; qcov=1; evalue=6.62e-135; confidence=high |
| GO | GO:0006833 (water transport); GO:0015250 (water channel activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00230 (MIP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000750 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 1.00000 | XP_057782794.1 |
| 2 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 1.00000 | XP_057782794.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782794.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782794.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782794.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:9353616 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B72,B99 |
Chr8:9353661 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C19 |
Chr8:9353712 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B118 |
Chr8:9353714 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B118,B45,B90,B92,C19 |
Chr8:9353858 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B45,B90,B92 |
Chr8:9353885 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr8:9353931 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B36,B73 |
Chr8:9353950 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B118 |
Chr8:9354070 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B4 |
Chr8:9354175 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B136,B23,C18,C63 |
Chr8:9354176 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B118 |
Chr8:9354177 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A21,B15 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782794.1PF00230
MIP 14-234 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782794.1 |
Pfam | PF00230 |
MIP | Family | 14 | 234 | 1.2e-76 | 258.1 | Major intrinsic protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。