当前解析结果
SmilChr08G001186| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001186 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001186 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G001186 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 9502037 - 9506288 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000771 |
|---|---|
| GeneID | 131000771 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000771 |
| 原始查询 | SmilChr08G001186 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | K-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836118]; symbol=AT5G59960; hit=AT5G59960; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | K-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836118]; symbol=AT5G59960; hit=AT5G59960; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G59960 (AT5G59960)K-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836118] identity=76.1; qcov=0.975; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0151600- identity=67.8; qcov=0.978; evalue=7.41e-176; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF30847 (DUF8749) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000771 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.80000 | XP_057782826.1 |
| 2 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.40000 | XP_057782826.1 |
| 3 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 0.20000 | XP_057782826.1 |
| 4 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.20000 | XP_057782826.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782826.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:9503309 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | A19 |
Chr8:9503309 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | A19 |
Chr8:9505031 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B60,B87,C38 |
Chr8:9505979 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B52,D11 |
Chr8:9506117 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A19,B23 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782826.1PF30847
DUF8749 14-320 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782826.1 |
Pfam | PF30847 |
DUF8749 | Domain | 14 | 320 | 2.8e-150 | 500.8 | Domain of unknown function (DUF8749) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。