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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001187

染色体: Chr08 坐标: 9506661-9517408 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001187
名称SmilChr08G001187
描述inner membrane protein PPF-1, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向9506661 - 9517408 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000770
GeneID131000770
locus_tag-
NCBI NameLOC131000770
原始查询SmilChr08G001187

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述inner membrane protein PPF-1, chloroplastic
产物inner membrane protein PPF-1%2C chloroplastic
ArabidopsisAT2G28800 (ALB3)
63 kDa inner membrane family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817429]
identity=81.1; qcov=0.813; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0151200 (P0009G03.18-1)
-
identity=77.3; qcov=0.865; evalue=0; confidence=high
GOGO:0009535 (chloroplast thylakoid membrane); GO:0010027 (thylakoid membrane organization); GO:0032977 (membrane insertase activity); GO:0051205 (protein insertion into membrane); GO:0072598 (protein localization to chloroplast)
KEGGsmil03060 (Protein export - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02096 (60KD_IMP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000770

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057782820.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.80000 XP_057782820.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.80000 XP_057782820.1
4 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.60000 XP_057782820.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782820.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:9507092 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr8:9512943 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B45,B90,B92
Chr8:9512944 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:9513147 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,C11,C69
Chr8:9517081 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 39 A1,A13,A4,B1,B104,B106,B113,B13,B132,B134,B139,B140,B25,B26,B27,B47,B52,B55,B61,B62,B73,B74,C10,C14,C2,C23,C3,C37,C40,C46,C57,C63,C67,C7,C73,C82,D4,D8,D9
Chr8:9517083 T TTA 2bp_insertion frameshift_variant 15 A18,B104,B118,B136,B23,B68,B73,B97,C11,C18,C39,C59,C63,C69,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782820.1
459 aa
N
1
230
459
60KD_IMP
C
PF02096 60KD_IMP 119-334 aa
XP_057782821.1
451 aa
N
1
226
451
60KD_IMP
C
PF02096 60KD_IMP 119-334 aa
XP_057782822.1
451 aa
N
1
226
451
60KD_IMP
C
PF02096 60KD_IMP 119-334 aa
XP_057782823.1
451 aa
N
1
226
451
60KD_IMP
C
PF02096 60KD_IMP 119-334 aa
XP_057782824.1
446 aa
N
1
223
446
60KD_IMP
C
PF02096 60KD_IMP 119-334 aa
XP_057782825.1
443 aa
N
1
222
443
60KD_IMP
C
PF02096 60KD_IMP 119-334 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782820.1 Pfam PF02096 60KD_IMP Domain 119 334 1.3e-58 198.6 60Kd inner membrane protein
XP_057782821.1 Pfam PF02096 60KD_IMP Domain 119 334 1.3e-58 198.7 60Kd inner membrane protein
XP_057782822.1 Pfam PF02096 60KD_IMP Domain 119 334 1.3e-58 198.7 60Kd inner membrane protein
XP_057782823.1 Pfam PF02096 60KD_IMP Domain 119 334 1.3e-58 198.7 60Kd inner membrane protein
XP_057782824.1 Pfam PF02096 60KD_IMP Domain 119 334 1.2e-58 198.7 60Kd inner membrane protein
XP_057782825.1 Pfam PF02096 60KD_IMP Domain 119 334 1.2e-58 198.8 60Kd inner membrane protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926837.1
GCCAACGCCTACCCCATCCGTCCTCCACAATTTTGTTGGCCCCCAAAACATATCCTTTCGTGACCCGAAAAACTCTTCTTCTTCACAAAAACTAAATTTGGGGGAAACTCAATTTCCGTGACCTCTCCATATTCTCCATGGCGAGGACCCTGATTTCCTCCCCGTCTTTCTTCGGAACTCGCCTGCCCTCGCTTTCCCGCCATGGGCTTGTTCCCTCCAGCAGGCGCATCAGCACTGGAGTGAAGTTCAGCCTCCACCAG...
XM_057926838.1
CCAACGCCTACCCCATCCGTCCTCCACAATTTTGTTGGCCCCCAAAACATATCCTTTCGTGACCCGAAAAACTCTTCTTCTTCACAAAAACTAAATTTGGGGGAAACTCAATTTCCGTGACCTCTCCATATTCTCCATGGCGAGGACCCTGATTTCCTCCCCGTCTTTCTTCGGAACTCGCCTGCCCTCGCTTTCCCGCCATGGGCTTGTTCCCTCCAGCAGGCGCATCAGCACTGGAGTGAAGTTCAGCCTCCACCAGC...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131000770
ATGGCGAGGACCCTGATTTCCTCCCCGTCTTTCTTCGGAACTCGCCTGCCCTCGCTTTCCCGCCATGGGCTTGTTCCCTCCAGCAGGCGCATCAGCACTGGAGTGAAGTTCAGCCTCCACCAGCTGCCGCCTATCGATCACGCTGTTCATTTCGGTGCGATTCTTCAGAGAGCTGAGAGCTTGCTCTACACGCTTGCTGATGCTGCCGTCGCCGTGGACGGTGGCGCTGGGCCGTCCGACTCTGCTGCTACTGCCGCCCA...
LOC131000770
ATGGCGAGGACCCTGATTTCCTCCCCGTCTTTCTTCGGAACTCGCCTGCCCTCGCTTTCCCGCCATGGGCTTGTTCCCTCCAGCAGGCGCATCAGCACTGGAGTGAAGTTCAGCCTCCACCAGCTGCCGCCTATCGATCACGCTGTTCATTTCGGTGCGATTCTTCAGAGAGCTGAGAGCTTGCTCTACACGCTTGCTGATGCTGCCGTCGCCGTGGACGGTGGCGCTGGGCCGTCCGACTCTGCTGCTACTGCCGCCCA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057782820.1
MARTLISSPSFFGTRLPSLSRHGLVPSSRRISTGVKFSLHQLPPIDHAVHFGAILQRAESLLYTLADAAVAVDGGAGPSDSAATAAQKSGGWFGFISDAMEVVLKVLKDGLATVHVPYAYGFAIILLTVFVKVATLPLTKQQVESTLAMQNLQPKIKAIQQRYAGNQERIQLETSRLYKQAGVNPLAGCLPTLATIPVWIGLYQALSNVANEGLLTEGFFWIPSLGGPTTIAARQSGAGISWLFPFVDGHPPLGWHDTAA...
XP_057782821.1
MARTLISSPSFFGTRLPSLSRHGLVPSSRRISTGVKFSLHQLPPIDHAVHFGAILQRAESLLYTLADAAVAVDGGAGPSDSAATAAQKSGGWFGFISDAMEVVLKVLKDGLATVHVPYAYGFAIILLTVFVKVATLPLTKQQVESTLAMQNLQPKIKAIQQRYAGNQERIQLETSRLYKQAGVNPLAGCLPTLATIPVWIGLYQALSNVANEGLLTEGFFWIPSLGGPTTIAARQSGAGISWLFPFVDGHPPLGWHDTAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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