Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001190`

染色体: Chr08 坐标: 9532388-9533765 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001190`
名称	SmilChr08G001190
描述	uncharacterized SmilChr08G001190
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	9532388 - 9533765 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000775`
GeneID	`131000775`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000775`
原始查询	`SmilChr08G001190`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836054]; symbol=AT5G59350; hit=AT5G59350; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836054]; symbol=AT5G59350; hit=AT5G59350; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G59350` (AT5G59350) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836054] identity=37.4; qcov=1.06; evalue=3.62e-25; confidence=medium
Rice	`Os11g0703600` - identity=37.1; qcov=0.648; evalue=4.52e-17; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000775

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057782829.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057782829.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782829.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782829.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057782829.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:9533053`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr8:9533059`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	frameshift_variant	34	A10,A18,A25,A4,A7,B1,B135,B140,B19,B24,B29,B32,B37,B46,B54,B62,B72,B80,B87,B9,B91,C14,C16,C22,C34,C59,C62,C72,C74,C79,C8,C80,C85,C86
`Chr8:9533159`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	31	A10,A25,A4,A7,B1,B135,B140,B19,B24,B29,B37,B46,B54,B62,B68,B72,B80,B87,B9,B91,C14,C16,C22,C59,C62,C72,C74,C79,C8,C80,C86
`Chr8:9533242`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B137
`Chr8:9533285`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	33	A10,A18,A25,A4,B1,B135,B140,B19,B24,B29,B32,B37,B46,B54,B62,B68,B72,B80,B87,B9,B91,C14,C16,C22,C59,C62,C72,C74,C79,C8,C80,C85,C86
`Chr8:9533302`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	31	A10,A18,A25,A4,B1,B135,B140,B19,B24,B29,B32,B37,B46,B54,B62,B68,B72,B80,B87,B9,B91,C16,C22,C59,C62,C72,C74,C79,C8,C80,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926846.1
GGACGCGCATGGTTTTGGCAACCCATGTGAATATGACTCCTCCAACCATTTCCATACACATACACACACACACCGCCCCTTCCACTTTGCCAGTCTAGCTTTCTCTCAATTCCCACAAAATTCCTTTTCTTTAACCACCTTTTTATATTTCACCCTTTTCTTTTGTCAAACCATTTTTCTAAAGTAATCTCCCCAATTTTCCTTCTTCATTTTAGGCAACTCCAACTGCCTTTCCCACAAAAGATTTCCCTTTCCTTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000775
ATGGGATCTTTCAGCGGATTAGGTATTGGGCTGAGTTTTGTTTTTGGTTTCATTTTAATGGGGCTTGTCGCAGAGCTTTGTTATCTGCTATGGTGGAAGAAGAAAACAGTGTATTCACAAAGCGCCAAAATCGAAAATCTCGAGAAATTCTCGTTTCCGCTGTGCTGGAAGAATCCGGATTCCGTGGGCAGCAGCCGAGAACTCACCAACTCAATCAGAAGCCAGTTCGAACAACAAGACGTGGAAACGGGGCTGAGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782829.1
MGSFSGLGIGLSFVFGFILMGLVAELCYLLWWKKKTVYSQSAKIENLEKFSFPLCWKNPDSVGSSRELTNSIRSQFEQQDVETGLSKSDLAAKGYGEEGVESELMRMHNLCGPPRFLFTIKEESREDLDSEDGKSRISNCKSFGIGSPLASPAVRASNLWSGEAMAEAEVNRLRSSPPPTFKFLKDAEDKFMRLQEAERRRTQEKGDDDVPFVKLSKAAAQVMPLPSSPTRNP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器