Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001193`

染色体: Chr08 坐标: 9601566-9604031 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001193`
名称	SmilChr08G001193
描述	scarecrow-like protein 9
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	9601566 - 9604031 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000780`
GeneID	`131000780`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000780`
原始查询	`SmilChr08G001193`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	scarecrow-like protein 9
产物	scarecrow-like protein 9
Arabidopsis	`AT1G07530` (SCL14) SCARECROW-like 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837267] identity=50; qcov=0.744; evalue=2.11e-163; confidence=high
Rice	`Os04g0590400` (OsGRAS23) - identity=52; qcov=0.722; evalue=9.7e-168; confidence=high
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF03514 (GRAS)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000780

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057782832.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782832.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782832.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057782832.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057782832.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:9602024`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	15	B120,B129,B130,B16,B21,B33,B37,B41,B6,B68,B82,C18,C70,C9,D2
`Chr8:9602090`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B18,B75,C52,C58
`Chr8:9602110`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B131,B41,C11,C15,C85
`Chr8:9602140`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B49,B51,C55,D9
`Chr8:9602149`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B119,C10,C47
`Chr8:9602157`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B47,B81
`Chr8:9602183`	`A`	`AAC`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B59,C44
`Chr8:9602183`	`A`	`AAC`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B59,C44
`Chr8:9602192`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B110,B75,C45
`Chr8:9602200`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B51,C55,D9
`Chr8:9602200`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B51,C55,D9
`Chr8:9602234`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B33,C10,C32,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782832.1

634 aa

317

634

GRAS

PF03514 GRAS 260-631 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782832.1`	Pfam	`PF03514`	GRAS	Family	260	631	8.7e-116	387.6	GRAS domain family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926849.1
AATCAAAAGGTTTAATTTTAAAATCCCATAACTTTTAAGGCCACCACCATCCAAACAAATGAATAGATTCTCCTATATTATAGCAGTAGTAGAAAAATTGATCTGATTTGATACATTTTGTATCTATTCTAGTTGCAATATGGAAATCCCAAACTTTCACCTGCAACTCCACGACACTATTGTGAGTTTCAATACAACATTTTCATCTTTTGTTTTATCCCCAATCCAACTAGATCATGGAGTATTATAAACAAAGTCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000780
ATGGGGACTATTTCGCGGTGTGATTCAAGGAATGAATTCCAGTTGAGCTACGCAGCAGAATGCGGCGGATACAACCCTTCGCAGGCGGCGGTGCATCACAGCAGCGAAGCTCCGGTGCCGTGCGACTACTTCGACGGCGTCTTCGACTACATCAAGCAGATGCTGATGGAGGAAGACGACTTAGATCACAGACCCTGCATGTTCCATGACTGCTCCGCTCTCCAAGCCGCCGAGAAATACTTCAGCGATGCCCTCGGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782832.1
MGTISRCDSRNEFQLSYAAECGGYNPSQAAVHHSSEAPVPCDYFDGVFDYIKQMLMEEDDLDHRPCMFHDCSALQAAEKYFSDALGDRASSPPPPPLDFGGSASGNFPPCSDIVRDVSTISCDLDWLAESRAVVVDSNLPDQDSRNFHQVLGERRRNSSDDAAAAVKKTRDRGDSEEERRSKQFAGYAEESVQLDKYDKSLLCPKLNPRFYDDSPPSLDEDDDDDSEEESKKQYRKTKEVKRGRPKGSKKNRKVSQVVDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器