Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001198`

染色体: Chr08 坐标: 9650913-9653351 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001198`
名称	SmilChr08G001198
描述	suppressor of disruption of TFIIS-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	9650913 - 9653351 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000785`
GeneID	`131000785`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000785`
原始查询	`SmilChr08G001198`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	suppressor of disruption of TFIIS-like
产物	suppressor of disruption of TFIIS-like
Arabidopsis	`AT5G59480` (AT5G59480) Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836067] identity=58; qcov=1.06; evalue=8.85e-122; confidence=high
Rice	`Os03g0273800` - identity=55; qcov=1.07; evalue=2.46e-110; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00702 (Hydrolase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000785

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057782836.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057782836.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057782836.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782836.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782836.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:9651229`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr8:9651379`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B58,C17,C31
`Chr8:9651497`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr8:9651665`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C68
`Chr8:9651883`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782836.1

266 aa

133

266

Hydrolase

PF00702 Hydrolase 15-212 aa

XP_057782837.1

264 aa

132

264

Hydrolase

PF00702 Hydrolase 15-210 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782836.1`	Pfam	`PF00702`	Hydrolase	Domain	15	212	6.7e-12	46.9	haloacid dehalogenase-like hydrolase
`XP_057782837.1`	Pfam	`PF00702`	Hydrolase	Domain	15	210	4.2e-12	47.6	haloacid dehalogenase-like hydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926854.1
ATTTTCGTAATTGTCCAATGATGTAAAAGAAAATGATATTTGCAGTTGCACAGAGTTTCATGTCGCTTTCGTGTTTCCCACCTTTAAGGTCACCCTATAACTGCTTTCAATGGCGGTTGTCAATGCTCTCTATTTAACCACCCCCGCCCCCTCTGCCCCCATTTTCAATATCTTTTTCATATCCTCCCACATTTTTCGATCTCGCCATAATCTGGTTGCTTTTAAATCGAAATGGAGCAGGATGATTGCTATGAGAATGT...

XM_057926853.1
TGTCCAATGATGTAAAAGAAAATGATATTTGCAGTTGCACAGAGTTTCATGTCGCTTTCGTGTTTCCCACCTTTAAGGTCACCCTATAACTGCTTTCAATGGCGGTTGTCAATGCTCTCTATTTAACCACCCCCGCCCCCTCTGCCCCCATTTTCAATATCTTTTTCATATCCTCCCACATTTTTCGATCTCGCCATAATCTGGTTGCTTTTAAATCGAAATGGAGCAGGATGATTGCTATGAGAATGTTACTGAGACAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131000785
ATGGAGCAGGATGATTGCTATGAGAATGTTACTGAGACAAAATATGATTGCCTCCTCTTTGACGTGGATGATACACTTTATCCCCTGAGTTCTGGTTTATCAACGGAATGCACCAAGAACATAAGAGAATATATGATCAGTAAGCTCGGCGTAGAGGAGGAGAAGGTTCCTGAAATGTGTGCCGAGCTATATAAGGAGTACGGTACAACAATGGCTGGTCTTCGGGCTGTTGGGCATGATTTCGACTACGATGATTACCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057782836.1
MEQDDCYENVTETKYDCLLFDVDDTLYPLSSGLSTECTKNIREYMISKLGVEEEKVPEMCAELYKEYGTTMAGLRAVGHDFDYDDYHSFVHGRLPYDWLKTDHTLKNLLHTVPIRKVIFSNGNEAHVATVLSRLGLEDCFEDIICFETLNPSKSSEEPENSCDAPELPKTPIICKPFENAFEQAFKIAGINPHKTLFFDDSIRNLQTAKSIGLHTVWVGSSSKTQGVDYSLESIHNMKEALPELWEGDVDKADVPYSGKA...

XP_057782837.1
MEQDDCYENVTETKYDCLLFDVDDTLYPLSSGLSTECTKNIREYMISKLGVEEEKVPEMCAELYKEYGTTMAGLRAVGHDFDYDDYHSFVHGRLPYDWLKTDHTLKNLLHTVPIRKVIFSNGNEAHVATVLSRLGLEDCFEDIICFETLNPSKSSEEPENSCDELPKTPIICKPFENAFEQAFKIAGINPHKTLFFDDSIRNLQTAKSIGLHTVWVGSSSKTQGVDYSLESIHNMKEALPELWEGDVDKADVPYSGKAAI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器