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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001209

染色体: Chr08 坐标: 9777494-9783460 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001209
名称SmilChr08G001209
描述pumilio homolog 2-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向9777494 - 9783460 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000796
GeneID131000796
locus_tag-
NCBI NameLOC131000796
原始查询SmilChr08G001209

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pumilio homolog 2-like
产物pumilio homolog 2-like
ArabidopsisAT2G29190 (PUM2)
pumilio 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817468]
identity=61.2; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0844800
-
identity=54.5; qcov=1.06; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0010608 (post-transcriptional regulation of gene expression)
KEGG-
PfamPF00806 (PUF); PF07990 (NABP); PF22493 (PUF_NOP9)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000796

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057782857.1
2 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057782857.1
3 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.40000 XP_057782857.1
4 P-body P-body 0.40000 XP_057782857.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057782857.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:9778685 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:9778948 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:9778987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:9779696 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B108,B13,D8
Chr8:9779730 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B29,B54,C22,C26,D10
Chr8:9779802 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,C45,C80
Chr8:9780200 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B29,B54,B9,C22,C26,D10
Chr8:9780208 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B74,C14,C7,C81
Chr8:9780233 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B37
Chr8:9780233 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B37
Chr8:9780460 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B108,B68
Chr8:9780577 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782857.1
1053 aa
N
1
526
1053
NABP
PUF
PUF
PUF
PUF_NOP9
PUF
PUF
PUF
PUF
PUF
C
PF07990 NABP 310-717 aa PF00806 PUF 722-755 aa PF00806 PUF 760-787 aa PF00806 PUF 794-827 aa PF22493 PUF_NOP9 832-909 aa PF00806 PUF 836-860 aa PF00806 PUF 866-901 aa PF00806 PUF 905-936 aa PF00806 PUF 940-973 aa PF00806 PUF 985-1014 aa
XP_057782858.1
1006 aa
N
1
503
1006
NABP
NABP
PUF
PUF
PUF
PUF_NOP9
PUF
PUF
PUF
PUF
PUF
C
PF07990 NABP 310-414 aa PF07990 NABP 416-670 aa PF00806 PUF 675-708 aa PF00806 PUF 713-740 aa PF00806 PUF 747-780 aa PF22493 PUF_NOP9 785-862 aa PF00806 PUF 789-813 aa PF00806 PUF 819-854 aa PF00806 PUF 858-889 aa PF00806 PUF 893-926 aa PF00806 PUF 938-967 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782857.1 Pfam PF07990 NABP Domain 310 717 6.6e-149 497.5 Nucleic acid binding protein NABP
XP_057782857.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 722 755 2.1e-85 280.2 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057782857.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 760 787 2.1e-85 280.2 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057782857.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 794 827 2.1e-85 280.2 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057782857.1 Pfam PF22493 PUF_NOP9 Repeat 832 909 2.7e-23 83.4 NOP9-like PUF repeat domain
XP_057782857.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 836 860 2.1e-85 280.2 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057782857.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 866 901 2.1e-85 280.2 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057782857.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 905 936 2.1e-85 280.2 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057782857.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 940 973 2.1e-85 280.2 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057782857.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 985 1014 2.1e-85 280.2 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057782858.1 Pfam PF07990 NABP Domain 310 414 6.2e-138 461.4 Nucleic acid binding protein NABP
XP_057782858.1 Pfam PF07990 NABP Domain 416 670 6.2e-138 461.4 Nucleic acid binding protein NABP
XP_057782858.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 675 708 1.4e-85 280.7 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057782858.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 713 740 1.4e-85 280.7 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057782858.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 747 780 1.4e-85 280.7 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057782858.1 Pfam PF22493 PUF_NOP9 Repeat 785 862 2e-23 83.8 NOP9-like PUF repeat domain
XP_057782858.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 789 813 1.4e-85 280.7 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057782858.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 819 854 1.4e-85 280.7 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057782858.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 858 889 1.4e-85 280.7 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057782858.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 893 926 1.4e-85 280.7 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057782858.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 938 967 1.4e-85 280.7 Pumilio-family RNA binding repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926874.1
AAAGTTACAACAGTAAAGAGTGAGCCAGCAGAGAGAGAGCTTGGTTTTAGCCTTTTAGGTAGTGCATTAACCACAAGCGGCAGTTTGTAGTTCGCACTTCGAATGCAAAGAGCGAACGTGTCACCCGCAGATTCTTGCTTTGGAAGATGAGCAAATTCCTTCTTCTCTCTCGCCCGCTCTAAATTCTCTCGCTACTCACAAGTTTGTTTTTCTTTTTGTTGATGTAAATCATTAAGCAGCAGCAGTCGGTTATCCATGAC...
XM_057926875.1
GTGAGCCAGCAGAGAGAGAGCTTGGTTTTAGCCTTTTAGGTAGTGCATTAACCACAAGCGGCAGTTTGTAGTTCGCACTTCGAATGCAAAGAGCGAACGTGTCACCCGCAGATTCTTGCTTTGGAAGATGAGCAAATTCCTTCTTCTCTCTCGCCCGCTCTAAATTCTCTCGCTACTCACAAGTTTGTTTTTCTTTTTGTTGATGTAAATCATTAAGCAGCAGCAGTCGGTTATCCATGACCGGGTCACCTAGTATTAAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131000796
ATGTTATCCGAATTGGGTAGGAGGCCGATGATTGGAAATAGTGAAAATTCCTATGGGGATGAGTTTGAGCAGGAAATAGGGTTGTTGCTCCGTGAACAGAGGAAGCAAGAGGCTGATGATCTTGAAAAGGAGCTTAATTTGTATAGAAGTGGATCAGCTCCACCGACAGTGGAGGGTTCACTTAGTGCAGTTGGTGGGTTGTTCAACCATGGAGCCAGCGGAGGCGGCTCTATAAGTGGAGCTGGTGTTGGTTCAGCAAT...
LOC131000796
ATGTTATCCGAATTGGGTAGGAGGCCGATGATTGGAAATAGTGAAAATTCCTATGGGGATGAGTTTGAGCAGGAAATAGGGTTGTTGCTCCGTGAACAGAGGAAGCAAGAGGCTGATGATCTTGAAAAGGAGCTTAATTTGTATAGAAGTGGATCAGCTCCACCGACAGTGGAGGGTTCACTTAGTGCAGTTGGTGGGTTGTTCAACCATGGAGCCAGCGGAGGCGGCTCTATAAGTGGAGCTGGTGTTGGTTCAGCAAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057782857.1
MLSELGRRPMIGNSENSYGDEFEQEIGLLLREQRKQEADDLEKELNLYRSGSAPPTVEGSLSAVGGLFNHGASGGGSISGAGVGSAIAEFARNKSGNGFMSEEELRSDPAYLSYYYSNVNLNPRLPPPLLSREDWRFAQRLQGGSSAIGDKRKVNRSDSGNGGRSLFSMPPGFNPKKQESENEDKLQGSVEWGGDGLIGLPGLGLGSKQKSLAEIFQDDLNRATPVPGHPSRPASRNAFDENSSSMASAEAELAHLRRDL...
XP_057782858.1
MLSELGRRPMIGNSENSYGDEFEQEIGLLLREQRKQEADDLEKELNLYRSGSAPPTVEGSLSAVGGLFNHGASGGGSISGAGVGSAIAEFARNKSGNGFMSEEELRSDPAYLSYYYSNVNLNPRLPPPLLSREDWRFAQRLQGGSSAIGDKRKVNRSDSGNGGRSLFSMPPGFNPKKQESENEDKLQGSVEWGGDGLIGLPGLGLGSKQKSLAEIFQDDLNRATPVPGHPSRPASRNAFDENSSSMASAEAELAHLRRDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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